La principale différence entre contig et scaffold est qu'un contig n'a pas de lacunes alors qu'un scaffold se compose de contigs et de lacunes.
Le séquençage du génome d'organismes multicellulaires est très difficile par rapport au séquençage d'organismes unicellulaires. Le séquençage shotgun du génome entier est une technique simple et rapide de séquençage du génome pour les génomes multicellulaires. C'est une méthode qui séquence de nombreux fragments d'ADN qui se chevauchent en parallèle. Dans cette méthode, de petits fragments sont assemblés en fragments plus grands, puis en contigs plus grands à l'aide d'un ordinateur. Ensuite, les contigs sont assemblés en échafaudages et enfin en un chromosome. Par conséquent, contig est une étendue continue de séquences nucléotidiques tandis que l'échafaudage est une partie du génome constituée de contigs et de lacunes. Le contig et l'échafaudage sont des séquences génomiques reconstruites.
Qu'est-ce que Contig ?
Contig est une séquence génomique. C'est un tronçon continu de séquences composées de bases A, C, G et T. Il est formé en rassemblant plusieurs petits morceaux d'ADN qui se chevauchent en une séquence plus longue. En termes simples, contig est un assemblage d'un ensemble de fragments de séquence. La création de contig implique l'identification de fragments de séquences qui se chevauchent sur la base de méthodes d'appariement et d'alignement de chaînes locales qui identifient les extrémités des séquences qui se chevauchent.
Les contigs n'ont pas de trous. C'est une partie d'un échafaudage. Les contigs sont enchaînés lors de la création d'un échafaudage. Il nécessite des informations supplémentaires sur la position relative et l'orientation des contigs dans le génome. Les lacunes séparent les contigs dans un échafaudage. Fondamentalement, l'assemblage de contig est une étape importante dans le séquençage du fusil de chasse du génome entier. Les contigs sont finalement assemblés en une séquence génomique complète. L'assemblage Contig nécessite généralement la compréhension des algorithmes de correspondance de chaînes et d'alignement de séquences.
Qu'est-ce qu'un échafaudage ?
Un échafaudage est une séquence génomique reconstruite à partir de clones de fusil de chasse à génome entier séquencés. Structurellement, un échafaudage se compose de contigs et de lacunes. Par conséquent, les échafaudages sont créés en enchaînant des contigs et en les séparant par des espaces. La création d'échafaudage a besoin d'informations concernant la position relative et l'orientation des contigs dans le génome. L'assemblage du fusil de chasse du génome entier vise à représenter chaque séquence génomique dans un échafaudage. Mais, ce n'est pas tout à fait possible. Par conséquent, un chromosome peut être représenté par plusieurs échafaudages. Parfois, les échafaudages peuvent se chevaucher. De plus, certains échafaudages peuvent être filtrés lors du montage.
Figure 02: Vue d'ensemble de l'assemblage du fusil de chasse à génome entier
La longueur d'un espace d'échafaudage ne montre pas sa vraie longueur. Généralement, les espaces sont fixés arbitrairement à certaines longueurs fixes. Par conséquent, ces lacunes et incertitudes dans leurs longueurs créent des problèmes pour comprendre les véritables relations spatiales des éléments fonctionnels dans les génomes et l'étendue réelle des informations manquantes. Parfois, les lacunes représentent des informations génomiques manquantes.
Quelles sont les similitudes entre Contig et Scaffold ?
- Contig et scaffold sont des séquences génomiques composées de séquences nucléotidiques.
- Les échafaudages sont composés de contigs et de lacunes.
Quelle est la différence entre Contig et Scaffold ?
Un contig est une séquence continue assemblée à partir d'un ensemble de fragments de séquence. En revanche, un échafaudage est une portion de séquence génomique reconstruite en enchaînant des contigs ensemble. C'est donc la principale différence entre contig et échafaudage. De plus, les contigs n'ont pas de lacunes alors que les contigs d'un échafaudage sont séparés par des lacunes.
L'infographie ci-dessous présente plus de différences entre contig et scaffold.
Résumé – Contig vs Scaffold
Contig et scaffold sont des séquences nucléotidiques reconstruites dans des projets de séquençage du génome entier. Contig est un tronçon continu de séquence génomique contenant des bases A, C, G et T sans lacunes. L'échafaudage est une séquence génomique constituée de contigs et de lacunes. Par conséquent, les composants d'assemblage les plus courts sont des contigs tandis que les échafaudages sont des assemblages de contigs. Enfin, les échafaudages sont assemblés en chromosomes lors du séquençage du génome entier. Ainsi, cela résume la différence entre contig et scaffold.
