La principale différence entre l'amarrage moléculaire et la notation est que l'amarrage est une technique utilisée pour déterminer l'affinité de liaison entre deux molécules, tandis que la notation est un processus d'évaluation d'une pose particulière en comptant le nombre d'interactions intermoléculaires favorables.
Les termes d'amarrage moléculaire et de notation sont utilisés dans le domaine de la modélisation moléculaire. La modélisation moléculaire est une technique utilisée pour déterminer les arrangements possibles de différentes molécules dans une substance donnée. Cette technique est importante pour créer de nouveaux composés stables.
Qu'est-ce que l'amarrage moléculaire ?
L'amarrage moléculaire est une simulation informatique d'un ligand candidat se liant à un récepteur. Cette méthode prédit l'orientation préférée d'une molécule vers une autre molécule lorsqu'elle est liée l'une à l'autre pour former un complexe stable. Les résultats obtenus à partir de cette technique peuvent être utilisés pour prédire la force d'association ou l'affinité de liaison entre deux molécules. Ici, la fonction de notation moléculaire est également importante.
Figure 01: Un schéma simple montrant le processus des interactions moléculaires dans les systèmes biologiques
Généralement, cette technique prend en compte les molécules biologiquement pertinentes telles que les protéines, les peptides, les acides nucléiques, les glucides et les lipides. Ces molécules sont très importantes et jouent un rôle important dans les mécanismes de transduction du signal dans notre corps. Par conséquent, l'orientation des deux molécules qui vont se lier pour ce processus de transduction du signal affecte le type de signal produit ici. Cela signifie; L'amarrage moléculaire est important pour déterminer à la fois la force et le type de signal produit lors de la transduction du signal dans les systèmes biologiques.
De plus, les techniques d'amarrage moléculaire sont importantes dans la conception de médicaments basés sur la structure. Cela est dû à sa prévisibilité de la conformation de liaison de petites molécules telles que des ligands à un site de liaison approprié.
Qu'est-ce que la notation moléculaire ?
La notation moléculaire est un type de fonction mathématique utile pour évaluer les progrès de l'amarrage moléculaire. Dans le domaine de la chimie computationnelle, les fonctions de notation sont utilisées pour prédire l'affinité de liaison entre deux molécules après le processus d'amarrage. Par exemple, si nous avons une petite molécule d'un médicament particulaire et qu'il existe une cible biologique telle qu'une protéine, nous pouvons évaluer l'affinité du médicament envers le site de liaison. De plus, le scoring moléculaire peut être utilisé pour prédire les interactions intermoléculaires entre deux protéines ou entre une protéine et des molécules d'ADN.
Figure 02: Fonction de notation en bref
La principale application de la notation moléculaire concerne les processus de conception de médicaments, par exemple, le criblage virtuel, la conception de novo, l'optimisation des pistes, etc.
Quelle est la différence entre l'amarrage moléculaire et le scoring ?
L'amarrage et la notation moléculaires sont importants dans la modélisation moléculaire. le différence clé entre l'amarrage moléculaire et la notation est que l'amarrage est une technique utilisée pour déterminer l'affinité de liaison entre deux molécules, tandis que la notation est un processus d'évaluation d'une pose particulière en comptant le nombre d'interactions intermoléculaires favorables.
L'infographie suivante résume la différence entre l'amarrage moléculaire et la notation.
Résumé – Amarrage moléculaire vs notation
L'amarrage et la notation moléculaires sont importants dans la modélisation moléculaire. le différence clé entre l'amarrage moléculaire et la notation est que l'amarrage est une technique utilisée pour déterminer l'affinité de liaison entre deux molécules, tandis que la notation est un processus d'évaluation d'une pose particulière en comptant le nombre d'interactions intermoléculaires favorables.
