La principale différence entre BLAST et FastA est que BLAST est un outil d'alignement de base disponible sur le site Web du National Center for Biotechnology Information, tandis que FastA est un outil de recherche de similarités disponible sur le site Web de l'Institut européen de bioinformatique.
BLAST et FastA sont deux logiciels largement utilisés pour comparer des séquences biologiques d'ADN, d'acides aminés, de protéines et de nucléotides de différentes espèces et rechercher leurs similitudes. Ces algorithmes ont été écrits en gardant la vitesse à l'esprit. Parce que, lorsque les scientifiques ont pu isoler l'ADN en laboratoire au milieu des années 1980, cela a soulevé le besoin de comparer et de trouver des gènes identiques pour poursuivre les recherches à grande vitesse. Par conséquent, ces deux logiciels ont été développés de manière à ce que l'utilisateur puisse effectuer une recherche rapide de séquences similaires avec celle de leurs séquences de requête.
BLAST est l'acronyme de Basic Local Alignment Search Tool et utilise l'approche localisée pour comparer les deux séquences. FastA est un logiciel faisant référence à Fast A où A signifie All. Ici, le logiciel fonctionne avec des alphabets comme Fast A pour le séquençage de l'ADN et Fast P pour les protéines. BLAST et FastA sont tous deux très rapides pour comparer n'importe quelle base de données génomiques et sont donc très viables sur le plan financier ainsi que sur le gain de temps.
Qu'est-ce que BLAST ?
BLAST est l'un des logiciels de bioinformatique les plus utilisés qui a été développé en 1990. Depuis lors, il est accessible à tous sur le site du NCBI. De plus, toute personne peut accéder à ce logiciel et l'utiliser. De plus, BLAST est un logiciel qui nécessite des données d'entrée ou des séquences au format FastA. Mais, il donne des données de sortie au format texte brut, HTML ou XML. BLAST fonctionne sur un principe de recherche de similitudes localisées entre deux séquences et liste courte les séquences similaires, et après cela, il recherche les similitudes de voisinage.
Figure 01: Résultats BLAST
Ainsi, ce logiciel recherche un grand nombre de régions locales similaires et donne le résultat en atteignant une valeur seuil. Cependant, ce processus diffère du logiciel précédent, qui recherche d'abord la séquence entière, puis effectue la comparaison, et prend donc beaucoup de temps.
Outre la vérification de similarité ci-dessus, BLAST a de nombreuses autres utilisations telles que la cartographie de l'ADN, la comparaison de deux gènes identiques chez différentes espèces, la création d'un arbre phylogénétique, etc.
Qu'est-ce que FastA ?
FastA est un logiciel d'alignement de séquences de protéines. David J. Lipman et William R. Pearson ont décrit ce logiciel en 1985. Bien que l'utilisation initiale de ce logiciel ait été de comparer uniquement les séquences de protéines, la version modifiée de celui-ci était également capable de comparer les séquences d'ADN. Ici, ce logiciel utilise le principe de trouver statistiquement la similarité entre deux séquences. Il correspond à une séquence de l'ADN ou de la protéine avec une autre séquence par la méthode d'alignement de séquence locale.
Figure 02: RapideA
Cependant, il recherche les régions locales pour la similarité, mais pas la meilleure correspondance entre deux séquences. Étant donné que ce logiciel compare parfois des similitudes localisées, il peut également présenter des incompatibilités. Dans une séquence, FastA prend une petite partie connue sous le nom de k-tuples, où les tuples peuvent aller de 1 à 6 et correspondent aux k-tuples de l'autre séquence. À la fin du processus de mise en correspondance, lorsqu'il atteint une valeur seuil, il produit le résultat.
Quelles sont les similitudes entre BLAST et FastA ?
- BLAST et FastA sont des outils bioinformatiques utilisés pour comparer les séquences de protéines et d'ADN pour les similitudes.
- De plus, les deux programmes utilisent une stratégie de notation pour faire des comparaisons entre les séquences.
- De plus, les deux outils produisent des résultats très précis.
Quelle est la différence entre BLAST et FastA ?
BLAST est un outil pour vérifier la similarité entre les séquences biologiques. D'autre part, FastA est un autre programme qui facilite la vérification de la similarité des séquences de protéines et d'ADN. Cependant, par rapport à FastA, le logiciel BLAST est très populaire car il produit des résultats plus précis et plus rapides. C'est donc la différence entre BLAST et FastA. De plus, contrairement à FastA, le programme BLAST est modifiable selon le besoin de l'utilisateur. C'est donc une autre différence entre BLAST et FastA.
L'infographie ci-dessous sur la différence entre BLAST et FastA fournit plus de détails.
Résumé – BLAST vs FastA
BLAST et FastA sont deux programmes qui permettent à l'utilisateur de comparer sa séquence de requête avec les séquences des bases de données existantes et de vérifier les similitudes. Le but initial de FastA était de comparer uniquement des séquences de protéines. Mais la version modifiée de ce logiciel facilite les comparaisons de séquences de protéines et d'ADN. Bien que FastA soit un bon logiciel, la plupart des gens utilisent l'outil d'alignement BLAST car il est plus populaire et produit des résultats plus précis et plus rapides que FastA. De plus, l'outil BLAST est modifiable en fonction des besoins de l'utilisateur. En bref, cela résume la différence entre BLAST et FastA.
