La principale différence entre FASTA et FASTQ est que FASTA est un format textuel qui ne stocke que des séquences de nucléotides ou de protéines, tandis que FASTQ est un format textuel qui stocke à la fois la séquence et les valeurs de qualité de séquence associées.
La bioinformatique est un domaine qui utilise différents logiciels pour analyser et comprendre les données biologiques, en particulier lorsque l'ensemble de données est complexe et volumineux. Ce domaine combine la biologie, la chimie, la physique, l'informatique, l'ingénierie de l'information, les mathématiques et les statistiques pour analyser et interpréter les données biologiques. FASTA et FASTQ sont deux formats de représentation de séquences dans le domaine de la bioinformatique pour aligner et analyser des séquences. En fait, FASTQ est un format de fichier de séquence qui étend le format FASTA avec la possibilité de stocker la qualité de la séquence.
Qu'est-ce que FASTA ?
FASTA est un logiciel d'alignement de séquences d'ADN et de protéines. Le logiciel FASTA utilise le format FASTA. Il s'agit d'un format textuel qui représente soit des séquences de nucléotides, soit des séquences d'acides aminés (protéines). Ici, les codes à une seule lettre représentent ces deux séquences. FASTA est un outil important dans les domaines de la bioinformatique et de la biochimie. Ce format permet aux noms de séquence et aux commentaires de précéder les séquences.
Figure 01: Séquence FASTA
Ce format provient du logiciel FASTA et a été introduit par David J. Lipmann et William R. Pearson en 1985. L'outil FASTA a subi de nombreuses modifications au fil du temps, et la dernière version se compose de programmes pour les protéines: protéines, ADN:ADN, protéine:ADN traduit (avec décalages de cadre) et recherches de peptides ordonnés ou non ordonnés. FASTA lit une séquence de nucléotides ou d'acides aminés donnée et recherche la base de données de séquences correspondante en utilisant l'alignement de séquence local pour trouver des correspondances de séquences de base de données similaires.
Qu'est-ce que FASTQ ?
FASTQ est un logiciel d'alignement utilisé dans le domaine de la bioinformatique, qui stocke à la fois une séquence biologique (généralement une séquence nucléotidique) et ses scores de qualité correspondants. FASTQ a été initialement développé pour regrouper une séquence au format FASTA et les données de qualité associées par le Wellcome Trust Sanger Institute. Avec le développement dans le domaine de la bioinformatique, FASTQ est devenu la norme de facto pour stocker la sortie de nombreux instruments de séquençage à haut débit.
Le format FASTQ utilise quatre lignes différentes par séquence. La ligne 1 commence par le caractère @ et est suivie d'un identificateur de séquence (similaire à une ligne de titre FASTA). La ligne 2 se compose de lettres de séquence brutes. À la ligne 3, la séquence commence par un caractère "+" et est éventuellement suivie du même identifiant de séquence. La ligne 4 encode les valeurs de qualité pour la séquence de la ligne 2 et doit être composée du même nombre de symboles que de lettres dans la séquence.
Quelles sont les similitudes entre FASTA et FASTQ ?
- FASTA et FASTQ sont des outils d'alignement.
- Ce sont deux formats de représentation de séquence.
- Les deux sont liés au domaine de la bioinformatique.
- FAST et FASTQ sont des outils importants pour le stockage et le séquençage.
- FASTQ est une extension du format FASTA avec la possibilité de stocker la qualité de la séquence.
Quelle est la différence entre FASTA et FASTQ ?
FASTA est un format textuel qui stocke uniquement les séquences de nucléotides ou de protéines, tandis que FASTQ est un format textuel qui stocke à la fois la séquence et les valeurs de qualité de séquence associées. C'est donc la principale différence entre FASTA et FASTQ. De plus, FASTA stocke les fragments de séquence après avoir été cartographiés, tandis que FASTQ stocke les fragments de séquence avant le mappage. En outre, une autre différence entre FASTA et FASTQ est que FASTA se compose d'une ligne de description et que FASTAQ se compose de quatre lignes.
L'infographie ci-dessous présente les différences entre FASTA et FASTQ sous forme de tableau pour une comparaison côte à côte.
Résumé – FASTA contre FASTQ
La bioinformatique utilise différents formats de séquences tels que FASTA et FASTQ, etc. FASTA stocke les fragments de séquence après avoir été cartographiés tandis que FASTQ stocke les fragments de séquence avant le mappage. FASTA est un logiciel d'alignement de séquences d'ADN et de protéines. Il se compose de programmes pour protéine:protéine, ADN:ADN, protéine:ADN traduit (avec décalages de cadre) et de recherches de peptides ordonnés ou non ordonnés. FASTQ est un logiciel d'alignement utilisé dans le domaine de la bioinformatique et stocke à la fois une séquence biologique (généralement une séquence nucléotidique) et ses scores de qualité correspondants. FASTA se compose d'une ligne de description et FASTQ se compose de quatre lignes. Donc, cela résume la différence entre FASTA et FASTQ.
