La principale différence entre QTL et GWAS repose sur le type de séquences utilisées dans l'analyse. QTL utilise des locus de gènes de liaison pour analyser les traits phénotypiques associés à l'héritage polygénique, tandis que GWAS utilise des séquences de génome entier pour analyser les polymorphismes de nucléotides uniques d'une condition particulière.
Les cartes QTL et GWAS jouent un rôle important dans les analyses génétiques pour différents traits. En outre, ils sont importants dans l'analyse de diverses conditions pathologiques d'étiologie inconnue. De plus, le séquençage joue un rôle clé dans les deux techniques. Ces techniques peuvent en outre être couplées à d'autres techniques à haut débit pour une exactitude et une précision accrues.
Qu'est-ce que QTL ?
QTL signifie Quantitative Trait Locus. C'est une région de l'ADN associée à un trait phénotypique. Généralement, un QTL donne lieu à des effets polygéniques. La distribution des QTL varie et le nombre de QTL suggère le degré de variation d'un trait phénotypique particulier. De plus, ils codent généralement pour des traits continus sous-jacents et non pour des traits discrets.
Lors de l'identification des régions QTL, il est important de séquencer une zone QTL particulière. De plus, pour faciliter les investigations et la recherche, le séquençage et le stockage des données de séquence des régions QTL communes ont lieu avec l'implication de la bioinformatique. Nous appelons cette technique la cartographie QTL. Par la suite, une base de données se constitue avec les séquences de la région QTL.
Figure 01: Analyse QTL
De plus, les applications des séquences QTL reposent principalement sur l'outil BLAST, où la similarité des séquences peut être déterminée. Il est important de déduire les relations entre les organismes. En outre, il est important de déterminer la complexité d'un phénotype polygénique particulier. Il détermine également l'évolution d'un trait particulier.
À l'heure actuelle, l'analyse QTL est associée à d'autres techniques à haut débit telles que les puces à ADN. Ceci est important dans l'analyse de l'expression du phénotype. Actuellement, les scientifiques sont très intéressés par le développement de la base de données QTL puisque les régions QTL sont responsables de nombreux traits importants de différentes espèces.
Qu'est-ce que GWAS ?
GWAS signifie Genome Wide Association Study. Il fait également référence aux études d'association du génome entier. Ces études portent principalement sur des études observationnelles. Il analyse les variantes génétiques de différents individus généralement associées à un trait spécifique. De plus, le génome entier est important pour l'analyse GWAS.
Figure 02: GWAS
GWAS est un outil important dans l'analyse des polymorphismes mononucléotidiques associés à diverses maladies. Il s'agit également d'une étude comparative des différents polymorphismes d'un seul nucléotide dans une large population. De plus, l'échantillon d'étude de GWAS est très élevé; par conséquent, il prend également le format d'une étude de cohorte transversale.
En outre, la première étude GWAS a eu lieu en ce qui concerne l'infarctus du myocarde et l'analyse des gènes associés à l'infarctus du myocarde. À l'heure actuelle, GWAS joue un rôle important dans la détermination du fond génétique de maladies complexes d'étiologie inconnue.
Quelles sont les similarités entre QTL et GWAS ?
- Ils s'appuient sur les données de séquences d'ADN pour l'analyse.
- Les deux sont associés aux antécédents génétiques de divers personnages.
- De plus, ils nécessitent des outils bioinformatiques pour déduire et interpréter les résultats.
- Elles sont faites sur de grandes populations.
Quelle est la différence entre QTL et GWAS ?
QTL analyse les traits phénotypiques associés à l'hérédité polygénique à l'aide de locus de gènes liés, tandis que GWAS analyse les polymorphismes nucléotidiques uniques d'une condition particulière à l'aide de séquences du génome entier. C'est donc la principale différence entre QTL et GWAS. La cartographie QTL est une technique comparativement moins complexe que GWAS car elle nécessite un séquençage du génome entier.
L'infographie ci-dessous résume la différence entre QTL et GWAS sous forme de tableau.
Résumé – QTL contre GWAS
La cartographie QTL et GWAS jouent un rôle majeur dans la détermination du fond génétique de divers traits phénotypiques. Ils aident également à analyser le fond génétique de différentes maladies. La cartographie QTL cartographie les gènes de liaison responsables des traits continus et implique également la cartographie des gènes d'héritage polygénique. GWAS, d'autre part, a lieu avec l'analyse du génome entier pour les polymorphismes d'un seul nucléotide. De plus, cela se produit dans une population plus large. Voici donc le résumé de la différence entre QTL et GWAS.
