La principale différence entre le séquençage de fusil de chasse et le séquençage de nouvelle génération est que le séquençage de fusil de chasse est une méthode de séquençage qui décompose de manière aléatoire des séquences d'ADN en plusieurs petits fragments et réassemble la séquence en observant les régions qui se chevauchent lors du prochain séquençage de nouvelle génération (NGS) est une méthode avancée de séquençage génétique qui dépend de l'électrophorèse capillaire.
Le séquençage est le processus qui détermine l'ordre précis des nucléotides dans un gène, un groupe de gènes, un chromosome et un génome complet. Il est très important dans les études génomiques, les études médico-légales, la virologie, la systématique biologique, le diagnostic médical, la biotechnologie et dans de nombreux autres domaines pour analyser la structure et la fonction des gènes et l'identification des organismes. De plus, il existe différents types de méthodes de séquençage disponibles. Le séquençage Shotgun et le séquençage de nouvelle génération sont deux méthodes avancées parmi elles.
Qu'est-ce que le séquençage Shotgun ?
Le séquençage Shotgun est une méthode de séquençage qui brise de manière aléatoire les séquences d'ADN du chromosome entier ou du génome entier en plusieurs petits fragments et réassemble les séquences par ordinateur en observant les séquences ou les régions qui se chevauchent. Généralement, les génomes de mammifères sont structurellement complexes et de plus grande taille. De ce fait, ils sont difficiles à séquencer par clonage car cela prend du temps. Le séquençage Shotgun est une méthode plus rapide. C'est aussi moins cher à réaliser. Par conséquent, les scientifiques modernes s'appuient sur la méthode de séquençage du fusil de chasse pour s'attaquer aux génomes complexes.
Figure 01: Séquençage du fusil de chasse
La procédure de séquencement des fusils de chasse est relativement simple. Cela commence par fragmenter le génome entier en différentes tailles allant de bases de 20 kilos à des bases de 300 kilos. Ensuite, chaque fragment doit être séquencé en utilisant la méthode de terminaison de chaîne. Après le séquençage, il est nécessaire d'assembler les fragments en regardant les régions qui se chevauchent à l'aide d'un logiciel informatique sophistiqué. La cartographie conventionnelle et le clonage de séquences ne sont pas nécessaires pour cette méthode. De plus, l'utilisation de la carte génétique n'a pas lieu dans cette méthode. Cependant, comme il n'y a pas d'utilisation des cartes génomiques existantes, des erreurs lors de l'assemblage sont plus susceptibles de se produire. C'est l'un des inconvénients majeurs de cette méthode. De plus, des fragments plus courts fournissent des informations moins uniques pour chaque lecture dans cette méthode. De plus, le séquençage du fusil de chasse ne produit pas suffisamment de données pour déterminer une séquence consensus au niveau de précision requis.
Malgré les inconvénients mentionnés ci-dessus, la méthode de séquençage shotgun est actuellement la stratégie la plus efficace et la plus rentable pour le séquençage des génomes microbiens, y compris les bactéries, les virus et les levures. C'est parce que leurs génomes manquent de régions répétitives difficiles à séquencer, et il est possible d'assembler ces génomes facilement en chromosomes sans erreur.
Qu'est-ce que le séquençage de nouvelle génération ?
Le séquençage de nouvelle génération (NGS) est un terme utilisé pour désigner les processus modernes de séquençage à haut débit. Il décrit un certain nombre de différentes technologies de séquençage modernes qui ont révolutionné les études génomiques et la biologie moléculaire. Ces techniques comprennent le séquençage Illumina, le séquençage Roche 454, le séquençage Ion Proton et le séquençage SOLiD (Sequencing by Oligo Ligation Detection). Les systèmes NGS sont plus rapides et moins chers. Quatre principales méthodes de séquençage de l'ADN sont utilisées dans les systèmes NGS: le pyroséquençage, le séquençage par synthèse, le séquençage par ligation et le séquençage ionique semi-conducteur. Un grand nombre de brins d'ADN ou d'ARN (des millions) peuvent être séquencés en parallèle par NGS. Il permet le séquençage de l'ensemble du génome des organismes dans un court laps de temps.
Figure 02: Séquençage de nouvelle génération
NGS présente différents avantages. Il s'agit d'un processus à grande vitesse, plus précis et plus rentable qui peut être réalisé avec un petit échantillon. Par conséquent, il permet l'analyse de l'ensemble du génome humain en une seule expérience de séquençage. De plus, le NGS peut être utilisé dans des études métagénomiques, dans la détection de variations au sein d'un génome individuel dues à des insertions et des délétions, etc., et dans l'analyse des expressions géniques. De plus, NGS peut analyser simultanément des transcriptomes entiers à partir d'un grand nombre de tissus. Ainsi, NGS a révolutionné l'analyse des transcriptomes.
Quelles sont les similitudes entre le séquençage Shotgun et le séquençage de nouvelle génération ?
- Le séquençage Shotgun et le séquençage de nouvelle génération sont deux méthodes de séquençage du génome.
- Les deux méthodes sont des méthodes rapides.
- De plus, ce sont des méthodes rentables.
- Ils sont capables de séquencer de nombreux fragments d'ADN en parallèle.
Quelle est la différence entre le séquençage Shotgun et le séquençage nouvelle génération ?
Le séquençage Shotgun et le séquençage nouvelle génération sont deux techniques de séquençage avancées. La méthode de séquençage Shotgun brise de manière aléatoire les séquences d'ADN du chromosome entier ou du génome entier en plusieurs petits fragments et réassemble les séquences par ordinateur en observant les séquences ou régions qui se chevauchent. En revanche, le séquençage de nouvelle génération (NGS) est un terme qui fait référence aux processus modernes de séquençage à haut débit. C'est donc la principale différence entre le séquençage shotgun et le séquençage de nouvelle génération. De plus, le séquençage de nouvelle génération est une technique qui dépend de l'électrophorèse capillaire, alors que le séquençage shotgun n'en dépend pas. Par conséquent, il s'agit également d'une différence entre le séquençage shotgun et le séquençage de nouvelle génération. De plus, par rapport au séquençage shotgun, le séquençage de nouvelle génération est très sensible et très précis.
Résumé - Séquençage Shotgun vs séquençage nouvelle génération
Le séquençage Shotgun et le séquençage de nouvelle génération sont deux méthodes de séquençage utilisées dans le séquençage du génome. Les deux méthodes sont des méthodes rapides et rentables. NGS fonctionne sur le principe de séquencer des millions de séquences simultanément de manière rapide grâce à un système de séquençage. En revanche, le séquençage de fusil de chasse nécessite la rupture des génomes en petits fragments et le séquençage et le réassemblage à l'aide de séquences qui se chevauchent. Donc, cela résume la différence entre le séquençage de fusil de chasse et le séquençage de nouvelle génération.
