La principale différence entre le séquençage hiérarchique et le séquençage complet du génome est que, dans le séquençage hiérarchique, le génome est divisé en fragments plus grands avant le séquençage, tandis que dans le séquençage complet du génome, le génome entier est divisé en petits fragments pour le séquençage..
Le séquençage est une technique importante dans les processus moléculaires, en particulier pour l'identification précise des espèces. En fait, c'est la technique d'identification de l'ordre précis des nucléotides dans un gène ou un génome. Il existe de nombreuses techniques de séquençage. Certains d'entre eux incluent la méthode Maxam Gilbert, la méthode Sanger et la méthode automatisée Sanger.
Qu'est-ce que le séquençage hiérarchique ?
Le séquençage hiérarchique Shotgun est une méthode de séquençage. On l'appelle aussi "séquençage descendant". De plus, cette méthode consiste en deux étapes: la première étape est l'amplification du génome et la seconde étape est la fragmentation du génome. Dans cette méthode, le génome est d'abord cisaillé en gros fragments. Il est suivi du clonage de ces gros fragments dans divers hôtes à l'aide de vecteurs ou de chromosomes artificiels. Ensuite, ces vecteurs recombinants sont arrangés dans une bibliothèque. Lors du séquençage shotgun, les clones de vecteurs recombinants subissent un séquençage individuel. Les fragments dans les clones subissent une digestion de restriction pour réduire davantage la taille du génome, subissant ainsi un séquençage.
Figure 01: Séquençage hiérarchique des fusils à pompe
Pendant le séquençage hiérarchique des fusils de chasse, les gros morceaux de fragments doivent être disposés dans l'ordre, avant le séquençage des fusils de chasse. Il se déroule à l'aide des marqueurs moléculaires qui sont incorporés au cours du processus de clonage.
Le séquençage hiérarchique des fusils de chasse crée une carte génétique à basse résolution. Mais cela crée une carte de séquence ordonnée. Ainsi, cela prend plus de temps que le séquençage direct. L'ensemble du processus est retardé en raison de la création d'une bibliothèque de vecteurs recombinants. Est-ce aussi une technique à forte intensité de main-d'œuvre. Cependant, à l'heure actuelle, la technique est automatisée pour faciliter le travail.
Qu'est-ce que le séquençage du génome entier ?
Le séquençage shotgun du génome entier est un processus de séquençage en une seule étape. Dans ce processus, le cisaillement du génome entier a lieu en premier. Suite à cela, chacun de ces petits fragments subit un séquençage aléatoire. Une fois le séquençage terminé, l'analyse des séquences a lieu. Au cours de l'analyse de séquence, les séquences qui se chevauchent sont supprimées et l'analyse n'est pas un processus ordonné. Par conséquent, l'assemblage de séquences est un processus moins efficace par rapport au séquençage hiérarchique des fusils de chasse. Cependant, le processus de séquençage du génome entier est plus rapide et l'analyse du génome entier peut avoir lieu en une seule instance.
Quelles sont les similitudes entre le séquençage hiérarchique et le séquençage du génome entier ?
- Le séquençage hiérarchique et le séquençage du génome entier sont deux approches de séquençage.
- Les deux subissent un séquençage Sanger ou des méthodes de séquençage automatisé Sanger.
- Ils sont impliqués dans le séquençage de fragments d'ADN et d'ARN.
- De plus, les deux méthodes sont importantes dans le diagnostic moléculaire et à des fins de recherche.
- À l'heure actuelle, les deux techniques sont automatisées ou informatisées.
- Les deux techniques reposent sur la fragmentation du génome.
Quelle est la différence entre le séquençage hiérarchique et le séquençage complet du génome ?
Le séquençage shotgun hiérarchique génère des fragments de plus grande taille par rapport au séquençage shotgun du génome entier, qui fonctionne avec de petits fragments de séquences. C'est donc la principale différence entre le séquençage hiérarchique et le séquençage du génome entier. En outre, le séquençage hiérarchique du fusil de chasse se compose de deux étapes principales, tandis que le séquençage du fusil de chasse du génome entier repose sur une étape majeure.
De plus, une autre différence entre le séquençage shotgun hiérarchique et le séquençage du génome entier est que la résolution est plus élevée dans le séquençage shotgun du génome entier par rapport au séquençage shotgun hiérarchique.
L'infographie ci-dessous résume la différence entre le séquençage hiérarchique et le séquençage du génome entier.
Résumé – Séquençage hiérarchique vs génome entier Shotgun
Le séquençage hiérarchique et le séquençage shotgun du génome entier sont deux techniques permettant de séquencer de grands génomes. La séquence de fusil de chasse hiérarchique est un processus de séquençage en deux étapes où le génome est divisé en fragments plus grands. En revanche, le séquençage du fusil de chasse du génome entier est un séquençage en une seule étape où le génome est divisé en petits fragments et directement séquencé. C'est donc la principale différence entre le séquençage hiérarchique et le séquençage du génome entier. De plus, les aspects techniques peuvent varier entre les deux techniques.
