La principale différence entre le CDS et l'ORF est que le CDS est la séquence nucléotidique réelle d'un gène qui se traduit par une protéine, tandis que l'ORF est une séquence d'ADN qui commence par le site d'initiation de la traduction (codon de départ) et se termine par un site de terminaison de la traduction (codon stop).
Un gène a une séquence codante (CDS). Il se compose d'exons totaux du gène et d'un codon de départ et d'un codon d'arrêt. C'est la partie réelle du gène qui traduit et produit la protéine. Le cadre de lecture ouvert ou ORF est une séquence de nucléotides située entre un codon de départ et un codon d'arrêt. Il n'y a pas de codon stop à l'intérieur d'un ORF interrompant le code génétique qui se traduit par une protéine. Chez les procaryotes, le CDS et l'ORF d'un gène sont identiques.
Qu'est-ce que le CDS ?
CDS ou séquence codante est la partie du gène qui se traduit réellement en une protéine. Il comprend des exons et deux codons appelés codon AUG et codon stop. Le CDS ne contient pas deux régions non traduites: 5' UTR et 3 UTR. De plus, les introns ne sont pas inclus dans le CDS.
Figure 01: Séquence de codage
Quand on les compare à l'ensemble du génome d'un individu, les séquences codantes représentent une petite fraction. La séquence codante consiste en la séquence de nucléotides nécessaire pour créer la séquence d'acides aminés de la protéine. Par conséquent, les CDS sont des exons concentrés qui peuvent être divisés en triplets de nucléotides ou en codons. Les codons donnent naissance aux acides aminés.
Qu'est-ce qu'un ORF ?
Le cadre de lecture ouvert ou ORF est l'étirement continu d'une séquence de nucléotides qui commence par un codon de départ et se termine par un codon d'arrêt. En termes simples, ORF fait référence à la région de la séquence nucléotidique située entre les codons de départ et d'arrêt. Entre les deux, il n'y a pas de codon d'arrêt interrompant l'ORF. La séquence nucléotidique entre le codon de départ et d'arrêt code pour les acides aminés. Généralement, le codon de départ est ATG tandis que les codons d'arrêt sont TAG, TAA et TGA. L'ORF donne une protéine fonctionnelle lorsqu'il est transcrit et traduit. Par conséquent, l'ORF comprend un codon d'initiation, plusieurs codons dans la région médiane et un codon d'arrêt. Fait intéressant, ORF a une longueur qui peut être divisée par trois.
Figure 02: Cadre de lecture ouvert
Chez les procaryotes, puisqu'il n'y a pas d'introns, l'ORF est la séquence codante d'un gène qui se transcrit directement en ARNm. Par conséquent, CDS et PRF sont identiques chez les procaryotes. Lors de la recherche de gènes chez les procaryotes, il est facile de détecter un ORF et de trouver un gène chez les procaryotes. Chez les eucaryotes, puisqu'il existe des introns, l'ORF est la séquence de codons qui se forme après le traitement ou l'épissage de l'ARN. L'ORF est un élément de preuve qui aide à la prédiction des gènes tant que l'ORF est susceptible de faire partie d'un gène.
Quelles sont les similitudes entre CDS et ORF ?
- Chez les procaryotes, CDS et ORF sont identiques.
- Les deux ont un codon de départ et un codon d'arrêt.
- Ils ont un nombre de nucléotides qui peut être divisé par trois.
- Une fois traduits, ils produisent des séquences d'acides aminés.
Quelle est la différence entre CDS et ORF ?
CDS est la partie réelle du gène qui se traduit par une protéine tandis que l'ORF est l'étendue d'ADN entre un codon de départ et un codon d'arrêt. C'est donc la principale différence entre CDS et ORF. De plus, CDS ne contient pas d'introns, mais ORF peut contenir des introns. Le CDS se transcrit entièrement en une séquence d'ARNm complète tandis que l'ORF peut faire partie de la séquence d'ARNm. C'est donc une autre différence entre CDS et ORF.
L'infographie ci-dessous présente côte à côte les différences entre CDS et ORF.
Résumé – CDS vs ORF
CDS et ORF sont deux parties importantes d'un gène. CDS fait référence à la région réelle de l'ADN qui se traduit par une protéine. ORF est une séquence d'ADN qui commence par le codon de départ "ATG" et se termine par l'un des trois codons de terminaison (TAA, TAG ou TGA). L'ORF peut faire partie de l'ARNm complet d'un gène. Cependant, la séquence codante d'un gène se transcrit pour compléter la séquence d'ARNm. Tous les CDS sont des ORF. Mais tous les ORF ne sont pas des CDS. Ainsi, cela résume la différence entre CDS et ORF.
