La principale différence entre la métagénomique et la métatranscriptomique repose sur le type de biomolécules étudiées dans chaque domaine. La métagénomique étudie l'ADN, ses séquences et son comportement dans les organismes, tandis que la métatranscriptomique étudie l'ADN transcrit, principalement les séquences d'ARNm et son comportement dans les organismes.
La métagénomique et la métatranscriptomique sont deux domaines qui ont gagné en popularité au fil des ans auprès de la communauté microbienne. Ils sont importants dans les soins de santé, l'industrie et la biotechnologie agricole. La métagénomique et la métatranscriptomique permettent l'étude d'organismes individuels dans une communauté et de leurs rôles fonctionnels bénéfiques ou nocifs.
Qu'est-ce que la métagénomique ?
Métagénomique est le domaine d'étude qui explore l'acide désoxyribonucléique (ADN). Il est le plus pertinent pour la communauté microbienne. De plus, il s'agit d'un domaine plus avancé que la génomique. En génomique, l'analyse de l'ADN d'un organisme particulier a lieu. Cependant, la métagénomique implique l'analyse du matériel génétique dans une communauté d'organismes. Ainsi, cela permet d'étudier le comportement d'une communauté d'organismes appartenant à une condition ou à un environnement.
Figure 01: Métagénomique
La principale technique impliquée dans les études de métagénomique est le séquençage de nouvelle génération (NGS) qui utilise la technologie des microréseaux. Les méthodes NGS peuvent analyser plusieurs organismes en une seule réaction pour la présence ou l'absence de séquences d'ADN spécifiques. Ces séquences d'ADN peuvent être responsables d'un seul état pathologique ou d'un état environnemental. Par conséquent, en utilisant les connaissances métagénomiques, le criblage des organismes peut être effectué facilement et avec précision. Le séquençage au cours de la NGS se déroule en lectures courtes et le profilage de l'ADN des organismes a lieu. La séquence d'ADN 16s est une séquence populaire étudiée en métagénomique concernant les micro-organismes.
Suite au séquençage de la communauté d'organismes, l'alignement des séquences doit être fait. Des outils tels que l'outil de séquence d'alignement local de base (BLAST) sont utilisés pour accomplir la tâche d'alignement. Suite à l'alignement, un arbre phylogénétique fournit la relation de chaque organisme dans la communauté et des détails concernant son comportement.
Qu'est-ce que la métatranscriptomique ?
Métatranscriptomique est le domaine d'étude qui traite du transcriptome d'un organisme. Le transcriptome constitue l'ensemble des séquences d'ARN transcrites lors de la transcription de l'ADN. Les séquences d'ARNm présentes dans le transcriptome fournissent des informations sur l'expression génétique. La métatranscriptomique est l'analyse de multiples transcriptomes dans des populations ou des communautés.
Figure 02: Analyse du transcriptome
Les études de métatranscriptomique utilisent également des technologies de puces à ADN pour trouver les séquences des courtes séquences de lecture. De plus, la métatranscriptomique implique également une analyse bioinformatique approfondie à l'aide d'outils d'alignement et de méthodes de conception d'arbres. Cependant, le domaine de la métatranscriptomique est beaucoup plus difficile par rapport à la métagénomique. L'extraction de l'ARNm ou de l'ARN dans son ensemble n'est pas aussi simple qu'il y paraît. Étant donné que l'ARN est très sujet à la destruction et a une durée de vie très courte, la maintenance et le stockage de ceux-ci pourraient être une question possible.
Quelles sont les similitudes entre la métagénomique et la métatranscriptomique ?
- La métagénomique et la métatranscriptomique sont des techniques à haut débit pour analyser les communautés d'organismes, principalement les communautés microbiennes.
- Les deux techniques utilisent la technologie des puces à ADN pour déduire les résultats.
- Les résultats obtenus sont souvent analysés à l'aide de l'alignement BLAST et des arbres phylogénétiques.
- De plus, les deux techniques ne se concentrent pas sur un organisme, mais sur un groupe ou des organismes communautaires.
- En outre, les deux concepts sont également étudiés principalement en relation avec les microbes - la raison principale étant leurs divers rôles joués.
Quelle est la différence entre la métagénomique et la métatranscriptomique ?
La métagénomique et la métatranscriptomique impliquent l'analyse de la matière génétique dans une communauté d'organismes. Ainsi, la métagénomique concerne les motifs et les séquences d'ADN alors que la métatranscriptomique fait référence à l'analyse de l'ARNm ou de l'ADN transcrit. C'est donc la principale différence entre la métagénomique et la métatranscriptomique.
De plus, la procédure d'extraction diffère dans les deux techniques; la métagénomique implique des procédures d'extraction d'ADN et la métatranscriptomique implique des procédures d'extraction d'ARN. Par conséquent, il s'agit également d'une différence significative entre la métagénomique et la métatranscriptomique.
L'infographie ci-dessous résume la différence entre la métagénomique et la métatranscriptomique:
Résumé – Métagénomique vs Métatranscriptomique
La métagénomique et la métatranscriptomique sont de nouveaux domaines d'étude qui analysent une communauté d'organismes pour une condition particulière. Ainsi, la métagénomique fait référence à l'analyse des séquences d'ADN. En revanche, la métatranscriptomique fait référence à l'analyse de séquences d'ARN ou de produits d'ADN transcrits. À cet égard, la métatranscriptomique permet l'identification de l'expression génique pour un cas particulier. Les deux sont importants pour analyser les mutations et leurs effets. Ce sont des techniques rapides et plus fiables utilisées en diagnostic préalable. Voici donc le résumé de la différence entre la métagénomique et la métatranscriptomique.
