La principale différence entre la traduction de coupure et le remplissage d'extrémité est que la traduction de coupure est un processus qui crée des sondes d'ADN marquées pour diverses réactions d'hybridation, tandis que le remplissage d'extrémité est une technique qui crée des fragments émoussés en ajoutant des nucléotides dans des surplombs simple brin.
La traduction du pseudo et le remplissage des extrémités sont deux techniques utilisées en biologie moléculaire. La traduction de Nick est utilisée pour marquer des sondes pour l'hybridation afin de détecter des séquences nucléotidiques spécifiques. Le remplissage d'extrémité est utilisé pour fabriquer des fragments émoussés qui avaient des extrémités collantes avec des surplombs à un seul brin. Les deux techniques ont une grande importance et sont couramment utilisées dans les laboratoires de recherche moléculaire.
Qu'est-ce que Nick Translation ?
La traduction de Nick est une technique importante utilisée pour préparer des sondes marquées pour diverses techniques de biologie moléculaire telles que le transfert, l'hybridation in situ, l'hybridation fluorescente in situ, etc. Il s'agit d'une méthode in vitro de marquage de l'ADN. Les sondes d'ADN sont utilisées pour identifier des séquences d'ADN ou d'ARN spécifiques. A l'aide d'une sonde marquée, des fragments spécifiques peuvent être marqués ou visualisés à partir d'un mélange complexe d'acide nucléique. Par conséquent, les sondes marquées sont préparées en utilisant diverses techniques. La traduction de Nick est l'une de ces méthodes qui produit des sondes marquées à l'aide des enzymes DNase 1 et ADN polymérase 1.
Figure 01: Traduction du pseudo
Le processus de traduction de Nick commence par l'activité de l'enzyme DNase 1. La DNase 1 introduit des entailles dans le squelette phosphate de l'ADN double brin en clivant les liaisons phosphodiester entre les nucléotides. Une fois le pseudo créé, le groupe OH 3 'libre du nucléotide sera produit et l'enzyme ADN polymérase 1 agira dessus. L'activité exonucléase 5′ à 3′ de l'ADN polymérase 1 élimine les nucléotides de l'entaille vers la direction 3′ du brin d'ADN.
Simultanément, l'activité polymérase de l'enzyme ADN polymérase 1 fonctionne et ajoute des nucléotides pour remplacer les nucléotides supprimés. Si les nucléotides sont marqués, le remplacement se produira par les nucléotides marqués et marquera l'ADN pour identification. Enfin, cet ADN marqué nouvellement synthétisé peut être utilisé comme sonde dans diverses réactions d'hybridation.
Qu'est-ce que le remplissage final ?
Le remplissage des extrémités est une technique utilisée en biologie moléculaire pour fabriquer des fragments émoussés. La digestion de restriction produit des fragments avec des surplombs. Ces fragments peuvent ne pas être compatibles pour se ligaturer dans des vecteurs plasmidiques. Les vecteurs sont souvent émoussés pour permettre aux extrémités non compatibles d'être jointes. Par conséquent, les fragments avec des surplombs peuvent être émoussés en ajoutant les nucléotides au brin complémentaire en utilisant le surplomb comme matrice pour la polymérisation. Ce processus est connu sous le nom de remplissage final.
DNA polymérases telles que le fragment de Klenow de l'ADN polymérase I et l'ADN polymérase T4 catalysent le remplissage final. Ils ajoutent des nucléotides pour remplir (5′ → 3′) et mastiquer (3′ → 5′). Une fois que les extrémités collantes sont remplies, elles deviennent émoussées et sont prêtes à être ligaturées dans un vecteur.
De plus, le remplissage des extrémités peut être utilisé pour marquer les molécules d'ADN. Cependant, il ne peut être utilisé que pour marquer des molécules d'ADN avec des extrémités collantes. Par rapport à la traduction de pseudo, le remplissage des extrémités est une méthode plus douce qui provoque rarement des ruptures d'ADN.
Quelles sont les similitudes entre la traduction de pseudo et le remplissage de fin ?
- La traduction du pseudo et le remplissage des extrémités sont des techniques de biologie moléculaire.
- Ils peuvent être utilisés pour étiqueter les sondes.
- Les deux sont in vitro
Quelle est la différence entre la traduction de pseudo et le remplissage de fin ?
La traduction de Nick est une technique qui crée des sondes marquées pour l'hybridation. En revanche, le remplissage des extrémités est une technique qui crée des fragments émoussés pour la ligature dans des vecteurs. C'est donc la principale différence entre la traduction de pseudo et le remplissage de fin. De plus, la traduction de Nick nécessite l'utilisation d'une activité exonucléase 5'à 3' tandis que le remplissage d'extrémité ne nécessite pas d'activité exonucléase 5'à 3'.
L'infographie ci-dessous présente les différences entre la traduction du pseudo et le remplissage de fin plus en détail.
Résumé - Nick Translation vs End Filling
La traduction de Nick est une méthode qui incorpore des nucléotides radiomarqués dans l'ADN. Il synthétise des sondes marquées basées sur les activités des enzymes DNase 1 et E. coli ADN polymérase 1. Le remplissage final, en revanche, est une technique qui produit des fragments émoussés. Lorsque les fragments ont des bouts collants (surplombs simple brin), il est nécessaire de les rendre bouts francs afin de ligaturer en vecteurs. Le remplissage des extrémités ajoute des nucléotides compatibles et crée des fragments d'extrémités franches afin de les rendre compatibles pour la ligature. Ainsi, cela résume la différence entre la traduction de pseudo et le remplissage de fin.
