La principale différence entre la PCR consensus et la PCR pan est que la PCR consensus cible toujours les régions conservées alors que la PCR Pan cible les régions variables pour identifier les différentes souches d'un groupe
La réaction en chaîne par polymérase (PCR) est une technique d'amplification génique qui consiste en trois étapes principales: la dénaturation, l'hybridation et l'extension. Ceci est largement utilisé dans les diagnostics et l'identification moléculaire. Les techniques de PCR consensus et de Pan PCR sont basées sur les cibles d'amorces utilisées par chaque type de PCR.
Qu'est-ce que la PCR consensuelle ?
Consensus PCR est une technique de PCR qui cible une région conservée pour une espèce ou un genre particulier. Par conséquent, des régions hautement conservées sont choisies pour l'amplification. Grâce à cette méthode, les organismes peuvent être identifiés et distingués en fonction de leur consensus. Cette méthode identifie une région conservée pour une espèce particulière. Par exemple, la région d'ARNr 16s des bactéries reste une région conservée parmi les bactéries. Par conséquent, un seul jeu d'amorces est nécessaire pour l'amplification. Dans la plupart des cas, une amorce universelle spécifique peut être utilisée pour la région conservée.
Figure 01: Technique PCR
En suivant une méthode PCR consensuelle, la caractérisation des espèces et les relations évolutives peuvent être déduites. Sur la base de l'efficacité d'amplification de l'organisme échantillon particulier, le consensus de l'organisme envers le groupe peut également être déduit. De plus, la réalisation d'une PCR consensuelle est essentielle dans les études phylogénétiques. Il permet l'identification d'une espèce et interprète la déviation de l'organisme particulier montré en termes d'ancêtre commun.
Qu'est-ce que le Pan PCR ?
A Pan PCR est un mode de multiplexage de la PCR. Dans cette technique, différentes souches sont amplifiées à l'aide de diverses cibles d'amorces. Les cibles, cependant, peuvent être des cibles communes pour les groupes de souches. Ainsi, dans Pan PCR, plus de deux ensembles d'amorces peuvent être utilisés en même temps. Elle peut avoir lieu dans une méthode de réaction à tube unique ou dans une méthode de réaction à tubes multiples. La Pan PCR prend plus de temps et est plus complexe par rapport à une PCR consensuelle. Pour cette raison, l'interprétation des résultats de la PCR peut également être plus complexe dans la Pan PCR.
La principale application de la Pan PCR est le diagnostic moléculaire. Il permet de distinguer différentes souches d'une espèce par amplification de cible. La Pan PCR est une technique idéale pour identifier différentes souches d'une même espèce à l'origine d'une maladie. Dans la plupart des cas, l'automatisation des techniques de Pan PCR pour diverses conditions de santé est très importante et constitue une technique fiable et très efficace.
Quelles sont les similitudes entre la PCR consensuelle et la PCR pan?
- Consensus PCR et Pan PCR sont deux types de techniques de PCR.
- Les deux procédures suivent la procédure générale en trois étapes - dénaturation, recuit et extension.
- Ils utilisent des amorces spécifiques à la cible.
- Les deux réactions ont lieu dans un thermocycleur.
- Ces réactions peuvent être automatisées.
- Les deux peuvent être utilisés dans le diagnostic moléculaire et l'identification; cependant, la précision varie.
- Ces procédures nécessitent une validation.
Quelle est la différence entre la PCR consensuelle et la PCR pan?
Consensus et Pan PCR suivent la même procédure de routine. Cependant, la principale différence entre la PCR consensus et la Pan PCR est basée sur les cibles d'amorce que chaque procédure utilise. Alors que la PCR consensus cible toujours les régions conservées, une Pan PCR cible les régions variables pour identifier les différentes souches d'un groupe. En raison de cette différence, les protocoles de conception d'amorces, le nombre d'ensembles d'amorces utilisés et les applications spécifiques varient.
L'infographie ci-dessous résume la différence entre la PCR consensuelle et la PCR pan.
Résumé - PCR consensuelle vs Pan PCR
PCR, introduite par Mulli, joue un rôle révolutionnaire important dans les applications de biologie moléculaire. Consensus et Pan PCR sont deux types de PCR basés sur leurs régions cibles d'amorce. Alors que la PCR consensus cible les régions conservées, la Pan PCR cible les régions variables et joue un rôle important dans l'identification des souches. En raison de cette différence fondamentale entre la PCR consensus et la Pan PCR, les fonctions spécifiques de chaque type de PCR varient également de l'analyse phylogénétique à la caractérisation moléculaire en passant par le diagnostic moléculaire.
