Différence clé - Séquençage de l'exome et de l'ARN
Le séquençage des acides nucléiques est la technique qui détermine l'ordre des nucléotides dans un fragment particulier d'ADN ou d'ARN d'un organisme. Le séquençage est important pour identifier la composition de l'ADN et de l'ARN de la cellule et distinguer certains gènes qui codent pour des protéines fonctionnelles; ainsi, le séquençage peut être utilisé pour comprendre les mutations de ces gènes et les expressions des gènes. La méthode de séquençage Sanger ou les méthodes de séquençage de nouvelle génération plus avancées sont les méthodes de séquençage couramment utilisées. Le séquençage de l'exome est le séquençage de l'ensemble complet d'exons ou de régions d'ADN codantes présentes dans un organisme, tandis que le séquençage de l'ARN est la procédure de séquençage des acides ribonucléiques (ARN). C'est la principale différence entre le séquençage de l'exome et de l'ARN.
Qu'est-ce que le séquençage de l'exome ?
Exome est un sous-ensemble du génome qui se compose des gènes codants d'un organisme particulier. Les gènes codants sont nommés exons et sont transcrits en ARNm puis traduits en séquences d'acides aminés. Lors des modifications post-transcriptionnelles, le mécanisme d'épissage de l'ARN chez les eucaryotes élimine les introns (régions non codantes) et les exons restent. Il existe deux techniques principales dans lesquelles le séquençage de l'exome est effectué: basé sur une solution et basé sur un tableau.
Dans le séquençage d'exome en solution, les échantillons d'ADN sont fragmentés à l'aide d'enzymes de restriction ou d'une méthode mécanique et dénaturés par la chaleur. Dans cette technique, des sondes oligonucléotidiques biotinylées (appâts) sont utilisées pour s'hybrider sélectivement avec des régions cibles du génome. Des billes magnétiques de streptavidine sont utilisées pour l'étape de liaison. La liaison est suivie d'une étape de lavage où les séquences non liées et non ciblées sont éliminées. Les cibles liées sont ensuite amplifiées par réaction en chaîne par polymérase (PCR), puis séquencées à l'aide de techniques de séquençage Sanger ou de séquençage de nouvelle génération.
Figure 01: Séquençage de l'exome
La méthode basée sur la matrice est également similaire à la méthode basée sur la solution, sauf que les fragments d'ADN sont capturés dans une micropuce, puis les étapes de liaison et de lavage suivent avant d'être séquencées.
Le séquençage de l'exome est utilisé dans de nombreuses applications telles que le diagnostic génétique des maladies, la thérapie génique, l'identification de nouveaux marqueurs génétiques, l'agriculture pour identifier divers traits agronomiques bénéfiques et les procédures de sélection végétale.
Qu'est-ce que le séquençage d'ARN ?
Le séquençage de l'ARN est basé sur le transcriptome, qui est le transcrit complet de la cellule. Les principaux objectifs du séquençage de l'ARN sont de cataloguer toutes les espèces du transcrit, y compris l'ARNm, l'ARN non codant et le petit ARN, de déterminer la structure transcriptionnelle des gènes et de quantifier les niveaux d'expression de chaque transcrit au cours du développement. Lors du séquençage de l'ARN, les technologies d'hybridation (qui étaient de l'ADN complémentaire dérivé de séquences d'ARNm matures) ont été initialement utilisées pour le séquençage. À l'heure actuelle, une technique plus précise et plus avancée est utilisée pour le séquençage de l'ARN.
Figure 02: Séquençage de l'ARN
Dans le séquençage d'ARN, un échantillon d'ARN qui peut être de l'ARN total ou de l'ARN fractionné est converti en son ADN complémentaire (ADNc) par transcription inverse, et une banque d'ADNc est préparée. Chaque fragment d'ADNc est attaché à des adaptateurs des deux côtés (séquençage d'extrémité de paire) ou d'un côté (séquençage d'extrémité unique). Ces séquences étiquetées sont séquencées à l'aide du séquençage Sanger ou de la prochaine génération, comme le séquençage de l'exome.
Quelles sont les similitudes entre l'exome et le séquençage de l'ARN ?
- De courts fragments sélectionnés ou l'ensemble complet d'ADN/ARN peuvent être utilisés pour le séquençage d'Exome ou d'ARN.
- Les fragments séquencés sont conservés dans des bibliothèques.
- Le séquençage Sanger ou le séquençage Next Generation peut être utilisé.
- Les deux sont des méthodes de séquençage in vitro.
- Les fragments séquencés peuvent être déterminés par des marqueurs fluorescents.
Quelle est la différence entre le séquençage de l'exome et de l'ARN ?
Exome vs séquençage d'ARN |
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| Le séquençage de l'exome est le séquençage de l'ensemble complet d'exons ou de régions codantes d'ADN présentes dans un organisme. | Le séquençage de l'ARN fait référence à la procédure de séquençage des acides ribonucléiques (ARN); le transcriptome. |
| Échantillon de départ | |
| L'ADN génomique est l'échantillon de départ du séquençage de l'exome. | L'ARN est l'échantillon de départ du séquençage de l'ARN. |
| Composition | |
| Ceci ne contient que les régions codantes de l'ADN total connues sous le nom d'Exons | Ceci contient de l'ARN-ARNm / transcriptome. |
| Séquençage | |
| Il existe deux principales méthodes de séquençage de l'exome; technologies basées sur des solutions et sur des baies. | Le séquençage de l'ARN se fait via la préparation d'une bibliothèque d'ADNc en extrayant l'ARN total ou l'ARN fragmenté. |
Résumé - Séquençage de l'exome vs ARN
Exome est l'ensemble complet des régions codantes d'un organisme et les techniques impliquées dans la détermination de l'ordre exact des nucléotides d'Exome sont connues sous le nom de séquençage d'exome. Le séquençage de l'ARN est la technique impliquée dans la détermination de l'ordre des nucléotides de l'ARN d'un organisme. C'est la différence entre le séquençage de l'exome et de l'ARN.
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