Différence clé - Amorces PCR vs Amorces de séquençage
Avec les récents développements dans le domaine de la biologie moléculaire, différentes techniques génétiques ont été développées qui ont rendu les processus d'investigation des différentes avenues du sujet faciles et précis. La PCR et d'autres procédures de séquençage sont deux importantes de ces techniques. Ils utilisent différents sous-composants. Les amorces sont considérées comme le principal sous-composant commun aux techniques de PCR et de séquençage. Les amorces PCR sont utilisées pour l'amplification d'une séquence d'ADN particulière tandis que les amorces de séquençage sont utilisées dans le contexte du séquençage d'un fragment d'ADN dans le but de révéler son ordre spécifique de la séquence nucléotidique. C'est la principale différence entre les amorces PCR et les amorces de séquençage.
Que sont les amorces PCR ?
La réaction en chaîne par polymérase (PCR) est une technique génétique utilisée dans le domaine de la biologie moléculaire afin d'amplifier une ou quelques copies d'un segment d'ADN particulier et d'obtenir plusieurs millions de copies identiques. Dans une réaction PCR, différents composants sont utilisés, y compris des amorces. Les amorces sont de courts brins d'ADN d'une longueur de nucléotides de 18 à 25, ce qui les rend compatibles avec les régions de début et de fin des fragments d'ADN à amplifier. Les amorces peuvent être une amorce directe et une amorce inverse. Ces amorces se lient au fragment d'ADN aux points spécifiques où il fabrique l'ADN polymérase pour se lier à l'amorce spécifique à l'emplacement et initier la synthèse du nouveau brin d'ADN.
La sélection des amorces est un aspect important du processus de PCR. Le choix de la longueur de l'amorce est important. La longueur idéale serait de 18 à 25 nucléotides. Si la longueur est trop courte ou trop longue, les amorces ne se lieront pas à la séquence d'ADN pour être amplifiées avec précision. Les amorces trop courtes entraînent un annelage non spécifique des amorces à différents endroits de la séquence d'ADN.
Figure 01: Amorces PCR
La teneur en guanine et cytosine (GC) d'un bon primaire doit être comprise entre 40 et 60. La température de recuit de l'amorce et la température de fusion sont des facteurs vitaux pendant la PCR. La température de fusion doit être calculée avec précision et la température de recuit de l'amorce doit être inférieure de 5 0C à la température de fusion. La température de fusion doit être de 60 °C et 75 °C. Des températures trop élevées ou trop basses entraîneront une activité moins active de l'ADN polymérase.
Que sont les amorces de séquençage ?
Les amorces de séquençage sont utilisées dans le cadre du séquençage d'un fragment d'ADN dans le but de révéler son identité spécifique. Pour obtenir de bons résultats de séquençage, des amorces et des modèles de haute qualité sont importants. Ainsi, lorsque des amorces sont sélectionnées, elles doivent être uniques à une région particulière où nous souhaitons séquencer. Il devrait également être avec une orientation correcte où les séquences sont généralement générées des extrémités 3 'à 5' des amorces. La séquence doit être dépourvue d'auto-hybridation indésirable telle que la formation de boucles en épingle à cheveux. Il ne doit pas contenir de formation consécutive de bases de guanine.
La température de fusion (Tm) de l'amorce doit être adaptée aux conditions du séquençage. Par conséquent, il doit être compris entre 52oC et 74oC. La préparation d'oligonucléotides à utiliser comme amorce doit être purifiée pour obtenir la longueur totale souhaitée de la séquence. Si les oligonucléotides contiennent des impuretés, la signalisation de la séquence d'amorce sera superposée à partir de différents sites d'amorçage, et cela diminuera également le nombre de cellules de base.
Figure 02: Amorces de séquençage
La température de fusion de l'amorce (Tm) d'un oligonucléotide détermine la force d'hybridation des brins d'ADN complémentaires. Tm peut être considérée comme un calcul thermodynamique où elle dépend à la fois des séquences d'ADN et de plusieurs conditions telles que la concentration en sel. Le Tm est important pendant la PCR où une variante appelée séquençage cyclique est utilisée pour produire un groupe de fragments terminés par des didésoxynucléotides. Ici, l'amorce qui est séquencée sera d'abord recuite alternativement, puis allongée et enfin dénaturée pour amplification. Par conséquent, la valeur Tm doit être comprise entre 52oC et 74o C. Les oligonucléotides synthétisés peuvent être obtenus auprès des laboratoires de synthèse d'ADN/ARN selon choix. La petite échelle de synthèse utilisée pour le séquençage de l'ADN est généralement de 50 nmol. Aussi, le plus important, les amorces utilisées pour le séquençage doivent être purifiées pour être exemptes d'impuretés qui empêcheront la réduction de la qualité.
Quelles sont les similitudes entre les amorces de PCR et les amorces de séquençage ?
- Les amorces PCR et les amorces de séquençage sont des amorces utilisées dans le processus d'amplification d'une séquence d'ADN ciblée.
- Les amorces PCR et les amorces de séquençage sont composées de nucléotides.
- Les amorces PCR et les amorces de séquençage sont des oligomères courts.
Quelle est la différence entre les amorces de PCR et les amorces de séquençage ?
Amorces PCR vs Amorces de séquençage |
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| Les amorces PCR sont de courts brins d'ADN avec une longueur de séquence de nucléotides de 18 à 25, ce qui les rend compatibles avec les régions de début et de fin des fragments d'ADN qui doivent être amplifiés. | Les amorces de séquençage sont de courts oligomères utilisés dans le cadre du séquençage d'un fragment d'ADN dans le but de révéler son identité spécifique. |
| Fonction | |
| Les amorces PCR sont utilisées pour l'amplification d'une séquence d'ADN particulière. | Les amorces de séquençage sont utilisées dans le cadre du séquençage d'un fragment d'ADN dans le but de révéler son identité spécifique. |
| Nombre d'amorces nécessaires | |
| Deux amorces; une amorce sens et une amorce antisens sont utilisées comme amorces PCR. | Ne nécessite qu'une seule amorce comme amorce de séquençage. |
Résumé - Amorces PCR vs Amorces de séquençage
Les amorces de séquençage sont utilisées dans le cadre du séquençage d'un fragment d'ADN dans le but de révéler son identité spécifique. Une amorce de séquençage suffira pour exécuter le processus. Pour obtenir de bons résultats de séquençage, des amorces et des modèles de haute qualité sont importants. Ainsi, lorsque des amorces sont sélectionnées, elles doivent être uniques à une région particulière où nous souhaitons séquencer. Les amorces PCR sont de courts brins d'ADN avec une longueur de nucléotides de 18 à 25 qui est compatible avec les régions de début et de fin des fragments d'ADN qui doivent être amplifiés. Les amorces de PCR peuvent être une amorce sens et une amorce antisens. La teneur en guanine et cytosine (GC) d'une bonne amorce doit être comprise entre 40 et 60. La température de recuit de l'amorce et la température de fusion sont des aspects vitaux lors de la PCR. C'est la différence entre les amorces PCR et les amorces de séquençage.
