La principale différence entre les amorces aléatoires et l'oligo dT est que l'amorce aléatoire est un mélange de toutes les séquences d'oligonucléotides hexamères possibles, tandis que l'amorce oligo dT consiste en une séquence simple brin de 12 à 18 désoxythymidines.
La transcription inverse est un mécanisme dans lequel l'ADNc peut être synthétisé à l'aide d'ARNm ou de toute espèce d'ARN. Afin de produire de l'ADNc, l'enzyme transcriptase inverse et d'autres composants nécessaires doivent être fournis, en particulier la matrice et les amorces. Les amorces sont les courtes séquences d'ADN spécifiquement conçues pour l'amplification des séquences cibles. Les amorces aléatoires et les amorces oligo dT sont deux types courants d'amorces utilisées dans la transcription inverse. Par conséquent, l'amorce aléatoire ou l'amorce oligo dT sont de courtes séquences d'oligonucléotides d'ADN nécessaires à la transcriptase inverse pour initier la transcription inverse. Selon la matrice d'ARN, l'amorce appropriée peut être sélectionnée parmi ces deux types d'amorces.
Que sont les amorces aléatoires ?
L'amorce aléatoire est un mélange d'oligonucléotides représentant toutes les séquences hexamères possibles. La séquence d'amorce de l'amorce aléatoire est 5' - d (NNNNNN) -3' N=G, A, T ou C. Par conséquent, des amorces aléatoires peuvent être utilisées pour l'amplification d'ADN ou d'ARN simple brin par l'ADN polymérase ou la transcriptase inverse, respectivement. En outre, le mélange d'amorces aléatoires est capable d'amplifier toutes les régions de l'ARN pour générer de l'ADNc. Ainsi, il produit différentes longueurs d'ADNc.
Figure 01: Amorces aléatoires
Plus important encore, le mélange d'amorces aléatoires ne montre pas de spécificité de modèle. Il est incapable de distinguer l'ARNm des autres espèces d'ARN. Et, il s'annele avec n'importe quelle espèce d'ARN dans l'échantillon. Cependant, le mélange d'amorces aléatoires convient à la transcription inverse des ARN sans queues poly (A), tels que l'ARNr, l'ARNt, les ARN non codants, les petits ARN, l'ARNm procaryote, etc., l'ARN dégradé et l'ARN avec des structures secondaires connues.
Qu'est-ce qu'Oligo dT ?
L'amorce Oligo dT est une séquence de 12 à 18 désoxythymine (dT). La séquence d'amorce peut être représentée par 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3. Il est utilisé pour la production d'ADNc à partir d'ARNm contenant une queue poly(A). Fondamentalement, il agit comme une amorce pour la réaction catalysée par la transcriptase inverse. Au cours de la transcription inverse, l'amorce oligo dT s'annele avec la queue poly-adénylée trouvée à l'extrémité 3' de la plupart des ARNm eucaryotes et démarre le processus.
Figure 02: Transcription inverse à l'aide d'Oligo dT Primer
Contrairement à l'amorce aléatoire, l'amorce oligo dT ne convient pas aux ARN dégradés ou aux ARN dépourvus de queues poly(A), y compris les ARN procaryotes et les microARN.
Quelles sont les similitudes entre les amorces aléatoires et Oligo dT ?
- L'amorce aléatoire et l'amorce oligo dT sont deux types d'amorces utilisées dans la transcription inverse et la fabrication d'ADNc.
- L'utilisation conjointe de l'amorce aléatoire et de l'amorce oligo dT augmente la sensibilité de la synthèse d'ADNc.
- Ce sont de courtes séquences nucléotidiques simple brin.
Quelle est la différence entre les amorces aléatoires et Oligo dT ?
L'amorce aléatoire est une courte séquence oligonucléotidique composée d'une séquence aléatoire. Pendant ce temps, l'amorce oligo dT est un brin court composé de 12 à 18 désoxythymidines. C'est donc la principale différence entre les amorces aléatoires et l'oligo dT. La séquence de l'amorce aléatoire est 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T ou C. Alors que la séquence de l'amorce oligo dT est 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3´. Par conséquent, nous pouvons considérer cela comme une autre différence entre les amorces aléatoires et l'oligo dT.
De plus, les amorces aléatoires ne montrent pas de spécificité de matrice et elles s'hybrident avec n'importe quelle espèce d'ARN, tandis que les amorces oligo dT montrent une spécificité pour les queues poly(A) de l'ARNm eucaryote.
L'infographie ci-dessous résume la différence entre les amorces aléatoires et l'oligo dT.
Résumé - Amorces aléatoires vs Oligo dT
L'amorce aléatoire et l'amorce oligo dT sont deux types d'amorces utilisées dans la synthèse d'ADNc. L'amorce aléatoire consiste en un mélange d'oligonucléotides, représentant toutes les séquences hexamères possibles, tandis que l'amorce oligo dT est une séquence simple brin de 12 à 18 désoxythymidines. C'est donc la principale différence entre les amorces aléatoires et l'oligo dT. En outre, les amorces oligo dT sont utiles pour la transcription inverse sur toute la longueur de l'ARN avec une queue poly (A), tandis que les amorces aléatoires sont utiles pour la transcription inverse de la plupart des espèces d'ARN, y compris l'ARN dégradé, l'ARN sans queue poly (A) et l'ARN contenant ouvrages secondaires. Par conséquent, l'amorce aléatoire ne montre pas de spécificité de matrice tandis que l'amorce oligo dT montre une spécificité envers l'ARNm eucaryote contenant la queue poly (A).
