Différence clé - Sonde vs Primer
La sonde moléculaire est un petit fragment d'ADN ou d'ARN qui reconnaît les séquences complémentaires dans l'ADN ou l'ARN et permet l'identification de la séquence cible. L'amorce est une petite portion d'ADN ou d'ARN qui sert de point de départ à la synthèse d'ADN. Les amorces et les sondes s'hybrident avec les nucléotides complémentaires de l'ADN matrice ou de l'ADN cible. Cependant, la principale différence entre la sonde et l'amorce est que les amorces sont nécessaires à la réplication de l'ADN, tandis que les sondes sont nécessaires à la détection de séquences spécifiques dans l'échantillon d'ADN.
Qu'est-ce qu'une sonde ?
La sonde est un petit fragment d'ADN ou d'ARN utilisé pour détecter l'ADN ou l'ARN cible dans l'échantillon par hybridation moléculaire. Ils sont également appelés marqueurs moléculaires. La longueur de la sonde peut varier (100 à 1000 bases), et les nucléotides de la sonde sont complémentaires de la partie de la séquence cible. Pour faciliter la détection, les sondes sont marquées avec des isotopes radioactifs ou avec des colorants fluorescents ou des anticorps. Les sondes se lient aux bases complémentaires de la séquence cible et révèlent la présence de l'ADN ou de l'ARN cible dans l'échantillon. Il existe deux méthodes principales d'étiquetage des sondes: l'étiquetage d'extrémité et la translation de pseudo. Les sondes sont classées en différents types, notamment les sondes d'ADN, les sondes d'ARN, les sondes d'ADNc et les sondes d'oligonucléotides synthétiques, et elles sont préparées à l'aide de différentes techniques.
Les sondes sont des outils importants dans de nombreux domaines microbiens et moléculaires tels que la virologie, la médecine légale, les tests de paternité, les empreintes génétiques, la détection des maladies génétiques, le RFLP, la cytogénétique moléculaire, l'hybridation in situ, etc.
Figure 01: Sonde marquée par fluorescence utilisée dans FISH pour la détection d'agents pathogènes
Qu'est-ce qu'un abécédaire ?
Primer est un court fragment d'ADN ou d'ARN qui sert d'initiateur pour la synthèse d'ADN. L'enzyme ADN polymérase ajoute des nucléotides au groupe OH 3 'de la séquence d'amorce et synthétise le nouveau brin complémentaire de l'ADN matrice. Les amorces sont des fragments très courts d'une longueur de 18 à 20 nucléotides. Ils sont synthétisés chimiquement en laboratoire pour l'amplification in vitro de l'ADN (PCR). Les amorces peuvent avoir n'importe quelle séquence de nucléotides puisqu'elles sont conçues par l'utilisateur. Ils sont synthétisés pour correspondre aux bases complémentaires de l'ADN matrice. Par conséquent, il peut avoir n'importe quelle séquence de nucléotides. Les amorces sont de la plus haute importance pour la réplication de l'ADN car l'ADN polymérase ne peut pas synthétiser un nouvel ADN sans un morceau d'ADN préexistant. Lors de la conception des amorces pour la PCR, les éléments suivants doivent être pris en compte:
- Les amorces doivent contenir les nucléotides complémentaires à l'extrémité flanquante de l'ADN qui veut s'amplifier.
- Les amorces doivent avoir une température de fusion entre 55 et 65 0C
- La teneur en G et C doit être comprise entre 50 et 60 %.
Deux amorces sont utilisées dans la PCR en sens direct et inverse pour répliquer les deux brins de l'échantillon d'ADN. Les amorces sont couramment utilisées pour effectuer la PCR et le séquençage de l'ADN.
Figure 02: Hybridation d'amorces en PCR
Quelle est la différence entre Probe et Primer ?
Probe vs Primer |
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| La sonde est un petit fragment d'ADN/ARN utilisé pour détecter la présence de la séquence cible dans un échantillon par hybridation moléculaire. | Primer est une petite portion d'ADN ou d'ARN qui sert de point de départ à la réplication de l'ADN. |
| Fonction | |
| Cela détecte la présence d'une séquence spécifique dans l'échantillon d'ADN ou d'ARN. | Ceci agit comme un point de départ pour la synthèse d'ADN. |
| Longueur | |
| La longueur peut être comprise entre 100 et 1000 bases | La longueur est généralement d'environ 18 à 20 bases |
| Liaison avec séquence complémentaire | |
| La sonde s'hybride avec les bases complémentaires de la séquence cible | Primer recuit avec les bases complémentaires des brins d'ADN. |
| Étiquetage | |
| Les sondes sont étiquetées pour faciliter la détection | Les amorces ne sont généralement pas étiquetées |
| Utilisation en PCR | |
| Les sondes ne sont pas utilisées en PCR | Les amorces sont utilisées dans la PCR |
Résumé – Probe vs Primer
Probe est un petit fragment de séquence d'ADN ou d'ARN qui peut être hybridé avec des nucléotides complémentaires pour détecter une séquence cible dans l'échantillon. Les sondes sont marquées de manière radioactive, immunologique ou fluorescente pour voir la présence de la séquence cible. L'amorce est un très petit fragment d'ADN ou d'ARN qui sert de point de départ pour l'amplification d'ADN in vitro. L'ADN polymérase identifie l'amorce du groupe OH 3' et initie la construction d'un nouveau brin complémentaire à la matrice. Les sondes et les amorces fonctionnent de manière similaire en s'hybridant avec des nucléotides complémentaires. Ainsi, la principale différence entre la sonde et l'amorce est leur fonction première.
