Différence clé - Nick Translation vs Primer Extension
La traduction de Nick et l'extension d'amorce sont deux techniques importantes réalisées en biologie moléculaire. le différence clé entre la traduction de coupure et l'extension d'amorce est que le processus de traduction de coupure produit des sondes marquées pour d'autres techniques d'hybridation tandis que la méthode d'extension d'amorce identifie une séquence d'ARN spécifique à partir d'un mélange et révèle des informations sur l'expression de l'ARNm. Les deux techniques ont une grande importance et sont couramment utilisées dans les laboratoires de recherche moléculaire.
Qu'est-ce que Nick Translation ?
La traduction de Nick est une technique importante utilisée pour préparer des sondes marquées pour diverses techniques de biologie moléculaire telles que le transfert, l'hybridation in situ, l'hybridation fluorescente in situ, etc. Il s'agit d'une méthode in vitro de marquage de l'ADN. Les sondes d'ADN sont utilisées pour identifier des séquences d'ADN ou d'ARN spécifiques. A l'aide d'une sonde marquée, des fragments spécifiques peuvent être marqués ou visualisés à partir d'un mélange complexe d'acide nucléique. Par conséquent, les sondes marquées sont préparées en utilisant diverses techniques à utiliser pour différentes techniques. La traduction de Nick est l'une de ces méthodes qui produit des sondes marquées à l'aide des enzymes DNase 1 et ADN polymérase 1.
Le processus de traduction du pseudo commence par l'activité de l'enzyme DNase 1. La DNase 1 introduit des coupures dans le squelette phosphate de l'ADN double brin en clivant les liaisons phosphodiester entre les nucléotides. Une fois le pseudo créé, le groupe OH 3 'libre du nucléotide sera cédé et l'enzyme ADN polymérase 1 agira dessus. L'activité exonucléase 5 'à 3' de l'ADN polymérase 1 élimine les nucléotides de l'entaille vers la direction 3' du brin d'ADN. Simultanément, l'activité polymérase de l'enzyme ADN polymérase 1 fonctionne et ajoute des nucléotides pour remplacer les nucléotides supprimés. Si les nucléotides étaient marqués, le remplacement se produira par les nucléotides marqués et marquera l'ADN pour l'identification. Cet ADN marqué nouvellement synthétisé peut être utilisé comme sonde dans diverses réactions d'hybridation en biologie moléculaire.
Figure 01: Processus de traduction du pseudo
Qu'est-ce que Primer Extension ?
L'extension d'amorce est une technique utilisée pour trouver une séquence d'ARN spécifique à partir d'un mélange d'ARN et localiser l'extrémité 5' du transcrit d'ARNm. Il est également utilisé pour étudier la structure de l'ARN et son expression. La méthode d'extension d'amorce est réalisée avec des amorces marquées ou avec des nucléotides marqués. Si des amorces marquées sont utilisées, cela exclut la nécessité de marquer les nucléotides qui sont utilisés pour la synthèse de l'ADNc. Il y a plusieurs étapes dans cette technique. Cela commence par l'extraction de l'ARN de l'échantillon. Ensuite, une amorce oligonucléotidique marquée est ajoutée au mélange avec les ingrédients nécessaires pour synthétiser l'ADNc d'une séquence d'ARN spécifique. L'amorce s'hybride avec la séquence complémentaire du mélange. En utilisant la séquence recuite de l'amorce comme matrice, l'enzyme transcriptase inverse synthétise l'ADN complémentaire (ADNc) de la séquence d'ARN. L'annelage de l'amorce et la transcription inverse ne se produisent que lorsque la séquence d'ARN spécifique est présente dans l'échantillon. Enfin, lorsque l'électrophorèse sur gel dénaturant est effectuée, la taille de la séquence d'ARN peut être déterminée. Il est également facile de trouver la base +1 de la séquence d'ARNm (site d'initiation de la transcription) par la méthode d'extension d'amorce. La quantité d'ARNm présente dans l'échantillon peut être quantifiée par cette méthode si un excès d'amorce est utilisé.
Figure 02: Extension d'amorce
Quelle est la différence entre Nick Translation et Primer Extension ?
Nick Translation vs Primer Extension |
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| La traduction de Nick est un processus qui crée des sondes d'ADN marquées pour diverses réactions d'hybridation. | L'extension d'amorce est une technique utilisée pour trouver un ARN spécifique ou pour étudier l'expression des gènes. |
| Enzymes utilisées | |
| Les enzymes DNase 1 et ADN polymérase sont utilisées. | L'enzyme transcriptase inverse est utilisée. |
| Importance | |
| La traduction de Nick facilite le marquage d'une séquence d'ADN spécifique. | L'extension d'amorce permet la détection de la taille de séquence d'ARNm spécifique et de la quantité présente dans l'échantillon. |
Résumé - Nick Translation vs Primer Extension
La traduction de Nick est une méthode utilisée pour synthétiser des sondes marquées basées sur les activités des enzymes DNase 1 et E coli ADN polymérase 1. Il s'agit d'une méthode in vitro employée dans les laboratoires préalablement aux différentes techniques d'hybridation. Au cours de la traduction de l'entaille, l'activité exonucléase 5'-3' de l'ADN polymérase 1 élimine les nucléotides avant l'entaille et l'activité polymérase de l'ADN polymérase 1 remplace les nucléotides retirés par des nucléotides marqués derrière l'entaille. L'extension d'amorce est une méthode utilisée pour détecter un transcrit d'ARN spécifique à partir d'un mélange et quantifier la taille et la quantité d'ARN d'intérêt. C'est la différence entre la traduction de pseudo et l'extension d'amorce.
