La principale différence entre le profilage des polysomes et le profilage des ribosomes est que le profilage des polysomes analyse le comportement des ribosomes en utilisant à la fois le ribosome et l'ARNm (polysome) pendant la traduction, tandis que le profilage des ribosomes analyse le comportement des ribosomes uniquement en utilisant la séquence d'ARNm pendant la traduction.
La traduction est la deuxième phase de la synthèse des protéines qui convertit les informations contenues dans l'ARNm en une séquence d'acides aminés. Translatomics est une étude des ORF (cadres de lecture ouverts) qui sont activement traduits dans une cellule d'un organisme. Les techniques de profilage des polysomes et des ribosomes sont deux types de techniques dans le domaine de la biologie moléculaire permettant d'évaluer et d'inférer différents paramètres dans le cadre de l'analyse du translatome.
Qu'est-ce que le profilage polysome ?
Le profilage des polysomes est une technique qui déduit l'état de la traduction d'un ARNm spécifique en analysant le comportement à la fois du ribosome et de l'ARNm (polysome). En d'autres termes, cette technique fournit des données et des conclusions sur l'association des ARNm avec les ribosomes. Le polysome fait référence au groupe de ribosomes liés à un ARNm présent pendant la phase d'élongation de la traduction.
Figure 01: Profilage des polysomes
Le profilage des polysomes nécessite le lysat cellulaire, qui est ensuite centrifugé. L'échantillon centrifugé est ensuite séparé en fonction de leurs densités pour caractériser les petites et grandes sous-unités des ribosomes et l'ARNm correspondant impliqué dans la formation du polysome. En outre, le processus implique également la mesure de la densité optique. Des experts sont tenus d'effectuer le profilage polysome.
La technique de profilage des polysomes est un outil important pour de nombreuses applications. Les scientifiques utilisent cette technique pour étudier le degré de traduction dans les cellules. Plus précisément, c'est un outil pour fournir des informations précises sur l'étude de protéines individuelles et de leurs ARNm spécifiques. Dans le cadre de l'étude du degré de traduction d'un ARNm particulier, la technique de profilage des polysomes est indispensable. Ici, les séquences 3' et 5' d'un ARNm peuvent être étudiées en se référant à leurs effets sur la quantité d'ARNm produite et le niveau de traduction.
Qu'est-ce que le profilage des ribosomes ?
Le profilage des ribosomes est une technique qui analyse le comportement du ribosome par rapport à son ARNm lors de la traduction. Cette technique a été découverte et développée par Joan Steitz et Marilyn Kozak. Plus tard, cette technologie a été développée par deux scientifiques, Nicholas et Jonathan, en combinaison avec le séquençage de nouvelle génération, ce qui a conduit au développement de différentes techniques connexes telles que la méthodologie TRAP (Translating Ribosome Affinity Purification).
Figure 02: Séquençage des ribosomes
La procédure de profilage des ribosomes consiste à isoler l'ARNm, à éliminer l'ARN qui n'est pas lié aux ribosomes et à séparer l'ARNm lié aux ribosomes. Suite à cette procédure, l'isolat d'ARNm est soumis à une transcription inverse et la synthèse d'ADNc a lieu. Enfin, les données de séquence peuvent être alignées avec le profil traductionnel pour en déduire les caractéristiques du comportement du ribosome vis-à-vis de l'ARNm.
Le profilage des ribosomes aide de nombreux chercheurs à identifier et à déduire l'emplacement des sites de départ de la traduction, le complément des cadres de lecture ouverts (ORF) traduits dans une cellule ou un tissu, la distribution des ribosomes sur l'ARNm et le taux de traduire les ribosomes. Le profilage du ribosome est également connu sous le nom d'empreinte du ribosome ou Ribo Seq.
Quelles sont les similitudes entre le profilage des polysomes et le profilage des ribosomes ?
- Le profilage des polysomes et des ribosomes est une technique de biologie moléculaire importante pour la recherche.
- Ils fournissent des informations sur le processus de traduction.
- Les deux processus de profilage fournissent des données grâce à l'analyse du translatome.
- Des experts professionnels sont nécessaires pour effectuer les deux techniques afin d'obtenir des résultats précis.
- Les outils bioinformatiques jouent un rôle important dans les deux techniques.
Quelle est la différence entre le profilage des polysomes et le profilage des ribosomes ?
Le profilage du polysome analyse le comportement du ribosome en utilisant à la fois le ribosome et l'ARNm (polysome) pendant la traduction, tandis que le profilage du ribosome analyse le comportement du ribosome uniquement en utilisant la séquence d'ARNm pendant la traduction. C'est donc la principale différence entre le profilage des polysomes et le profilage des ribosomes. De plus, le profilage des polysomes implique des techniques telles que la centrifugation en gradient de densité et les mesures de densité optique, tandis que le profilage des ribosomes implique des techniques d'extraction et de séquençage de l'ARNm. De plus, le profilage des ribosomes est plus précis que le profilage des polysomes.
L'infographie ci-dessous présente les différences entre le profilage des polysomes et des ribosomes sous forme de tableau pour une comparaison côte à côte.
Résumé - Profilage des polysomes vs profilage des ribosomes
La traduction est la deuxième phase de la synthèse des protéines qui consiste à convertir les informations sur la séquence d'ARNm en une séquence d'acides aminés. Ce processus nécessite une matrice d'ARNm, des ribosomes, des acides aminés, de l'ARNt et d'autres facteurs. Le profilage des polysomes et des ribosomes sont deux techniques moléculaires. Le profilage du polysome analyse le comportement du ribosome en utilisant à la fois le ribosome et l'ARNm (polysome) pendant la traduction, tandis que le profilage du ribosome analyse le comportement du ribosome uniquement en utilisant la séquence d'ARNm pendant la traduction. Le profilage des polysomes implique des techniques telles que la centrifugation en gradient de densité et les mesures de densité optique. Le profilage des ribosomes implique des techniques telles que l'extraction d'ARNm, la synthèse d'ADNc et le séquençage. Donc, cela résume la différence entre le profilage polysome et le profilage ribosome.
