Différence clé - Gel d'empilage vs Gel de séparation
Les termes gel d'empilement et gel de séparation sont utilisés pour expliquer la technique SDS-PAGE. SDS-PAGE ou électrophorèse sur gel de dodécylsulfate de sodium-polyacrylamide est une technique de laboratoire utilisée pour séparer les molécules de protéines en fonction de leur poids moléculaire. La théorie derrière la technique est que les protéines avec différents poids moléculaires montrent des taux de migration différents; les molécules de faible poids moléculaire migrent plus rapidement tandis que les molécules de haut poids moléculaire migrent lentement. Le milieu de migration est un gel. Il existe deux types de gels nommés gel d'empilement et gel de séparation. La principale différence entre le gel d'empilement et le gel de séparation est que le pH du gel d'empilement est de 6,8 alors que le pH du gel de séparation est de 8,8.
Qu'est-ce que le Stacking Gel ?
Stacking gel est un gel de polyacrylamide à faible concentration qui est placé sur le dessus d'un gel de résolution plus concentré (gel de séparation) dans la technique SDS-PAGE. Le gel d'empilement est utilisé pour améliorer la résolution de l'électrophorèse. La résolution augmente en raison de la différence entre les concentrations de gel d'empilement et de gel de résolution qui ont un effet sur les protéines de l'échantillon. Étant donné que la concentration de polyacrylamide dans le gel d'empilement est faible, la taille des pores est plus élevée. Cela aide également à augmenter la séparation.
Le gel d'empilement est un gel de polyacrylamide en vrac avec de gros pores d'environ 7 % de polyacrylamide. Ces pores n'agissent pas comme une barrière considérable pour les grosses molécules de protéines. Par conséquent, ce gel affecte légèrement la mobilité de ces protéines. Cela rend la séparation en fonction de la mobilité et de la taille des protéines en les concentrant entre deux gels.
Figure 01: Gel d'acrylamide SDS-PAGE
Le pH du gel d'empilement est de 6,8. Son pH est plus acide que celui du gel de résolution par 2 unités de pH. Ce pH implique une force ionique plus faible donc une résistance électrique plus élevée. Cela provoque la mobilité des protéines par rapport aux autres particules chargées présentes dans le gel.
Qu'est-ce que le gel séparateur ?
Le gel de séparation ou le gel de résolution d'une technique SDS-PAGE est un gel de polyacrylamide hautement concentré qui est placé sur le dessus d'un gel d'empilement faiblement concentré. Le gel séparateur contient une grande quantité de polyacrylamide (10%). Le pH de ce gel est maintenu à pH=8,8, ce qui est un niveau de pH plus élevé que celui du gel d'empilement.
Figure 02: Un appareil d'électrophorèse sur gel
Lorsque les molécules de protéines atteignent le gel séparateur, la migration de ces molécules est ralentie car le gel séparateur est un gel à haute concentration avec une petite taille de pores qui peut agir comme une barrière considérable pour le mouvement des molécules de protéines. Ce ralentissement permet aux autres protéines qui migrent lentement de rattraper leur retard, ce qui se traduit par une bande étroite et concentrée entre les deux gels.
Quelle est la relation entre le gel d'empilage et le gel de séparation ?
Les deux types de gel d'empilement et de gel de séparation sont utilisés dans le même appareil
Quelle est la différence entre le gel d'empilement et le gel de séparation ?
Gel d'empilement vs gel de séparation |
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| Le gel d'empilement est un gel de polyacrylamide à faible concentration qui est placé sur le dessus d'un gel de résolution plus concentré (gel de séparation) dans la technique SDS-PAGE. | Le gel de séparation ou le gel de résolution d'une technique SDS-PAGE est un gel de polyacrylamide hautement concentré qui est placé sur le dessus d'un gel d'empilement à faible concentration. |
| Emplacement | |
| Le gel d'empilement est placé sur le gel de résolution (de séparation). | Le gel de séparation est placé au fond du récipient utilisé pour l'électrophorèse sur gel. |
| Concentration | |
| La concentration de gel d'empilement est élevée. | La concentration du gel séparateur est faible. |
| Contenu en polyacrylamide | |
| Le gel de superposition contient environ 7 % de polyacrylamide. | Le gel de séparation contient environ 10 % de polyacrylamide. |
| pH | |
| Le pH du gel d'empilement est de 6,8. | Le pH du gel séparateur est de 8,8. |
| Taille des pores | |
| De grandes tailles de pores sont présentes dans le gel d'empilement. | De petites tailles de pores sont présentes dans le gel séparateur. |
| Résolution | |
| Le gel d'empilement donne une meilleure résolution. | Le gel de séparation donne une mauvaise résolution. |
Résumé - Gel d'empilage vs gel de séparation
Le gel d'empilement et le gel de séparation sont deux types de gels de polyacrylamide utilisés pour obtenir une meilleure séparation des molécules de protéines dans un échantillon donné. La différence entre le gel d'empilement et le gel de séparation est que le pH du gel d'empilement est de 6,8 alors que le pH du gel de séparation est de 8,8.
