Différence clé - RAPD vs RFLP
Les marqueurs génétiques sont utilisés en biologie moléculaire pour identifier les variations génétiques entre les individus et les espèces. L'ADN polymorphe amplifié aléatoire (RAPD) et le polymorphisme de longueur de fragment de restriction (RFLP) sont deux marqueurs moléculaires importants couramment utilisés dans les laboratoires. La RAPD est réalisée avec des amorces oligonucléotidiques courtes et arbitraires, et elle est basée sur l'amplification aléatoire des multiples emplacements dans l'ADN matrice de l'organisme. Le RFLP est réalisé avec une endonucléase de restriction spécifique, et il est basé sur le polymorphisme des fragments de restriction résultants et l'hybridation.le différence clé entre RAPL et RFLP est que RAPD est un type de technique PCR réalisée sans connaissance préalable de la séquence, tandis que RFLP n'est pas impliqué dans la PCR et nécessite une connaissance préalable de la séquence pour exécuter la technique.
Qu'est-ce que RAPD ?
RAPD est un marqueur moléculaire utile en biologie moléculaire. C'est une technique simple et rapide. La RAPD peut être définie comme une méthode qui aboutit à des séquences d'ADN polymorphes à la suite d'une amplification aléatoire de plusieurs emplacements de la matrice d'ADN cible. RAPD utilise de courtes amorces oligonucléotidiques avec des séquences arbitraires pour l'amplification par PCR. Les amorces sont synthétisées artificiellement sans connaissance préalable de la séquence. Par conséquent, il est considéré comme une technique facile et utile.
Les principales étapes suivantes sont impliquées dans RAPD.
- Extraction de l'ADN cible
- Amplification des emplacements multiples de l'ADN cible à l'aide d'amorces choisies au hasard
- Électrophorèse sur gel des produits PCR amplifiés
- Coloration au bromure d'éthidium et identification du polymorphisme
En raison de la variation de l'hybridation des amorces, différents fragments de différentes longueurs sont générés lors de l'amplification. Par conséquent, les motifs de bandes sur les gels sont différents selon les individus et les espèces. Ainsi, RAPD permet la détection de la variation génétique entre les organismes dans l'identification et la différenciation.
RAPD est appliqué dans diverses études de biologie moléculaire telles que l'identification de la différence génétique entre des espèces étroitement apparentées, la cartographie génétique, les empreintes génétiques, l'identification de maladies héréditaires, etc.
Figure 01: RAPD
Qu'est-ce que le RFLP ?
Les polymorphismes de longueur des fragments de restriction (RFLP) sont un marqueur moléculaire utilisé en biologie moléculaire pour l'identification de la variation génétique dans les séquences d'ADN homologues. C'est le premier marqueur génétique développé pour les empreintes génétiques. Tous les organismes produisent des profils d'ADN uniques lorsqu'ils sont restreints avec des enzymes de restriction spécifiques. RFLP sert d'outil important dans la production de profils ADN uniques d'individus et la détection de variations génétiques entre eux. Lorsque des échantillons d'ADN sont digérés avec des endonucléases de restriction spécifiques, cela donne différents profils d'ADN qui sont uniques à chaque individu. Par conséquent, le principe de cette méthode est la détection de la variation génétique entre les organismes en restreignant l'ADN homologue avec des enzymes de restriction spécifiques et l'analyse du polymorphisme de longueur de fragment par électrophorèse sur gel et transfert. Les modèles de transfert sont uniques à chaque organisme et caractérisent les génotypes spécifiques.
Les étapes suivantes sont impliquées dans le RFLP.
- Isolation d'une quantité suffisante d'ADN à partir d'échantillons
- Fragmentation des échantillons d'ADN avec des endonucléases de restriction spécifiques en courtes séquences
- Séparation des fragments résultants de différentes longueurs par électrophorèse sur gel d'agarose.
- Transfert du profil du gel dans une membrane par Southern blot
- Hybridation de la membrane avec des sondes marquées et analyse du polymorphisme de longueur des fragments dans chaque profil
RFLP a diverses applications telles que le diagnostic des maladies héréditaires, la cartographie du génome, l'identification criminelle dans les études médico-légales, les tests de paternité, etc.
Figure 02: Génotypage RFLP
Quelle est la différence entre RAPD et RFLP ?
RAPD contre RFLP |
|
| RAPD est un marqueur moléculaire basé sur des amorces aléatoires et la PCR. | RFLP est un marqueur moléculaire basé sur la production de différents fragments de restriction de longueur. |
| Échantillon requis | |
| De petits échantillons d'ADN suffisent pour l'analyse RAPD. | Une grande quantité d'échantillon d'ADN extrait est nécessaire pour l'analyse RFLP. |
| Heure | |
| RAPD est un processus rapide. | RFLP est un processus qui prend du temps. |
| Primer Use | |
| Des amorces aléatoires sont utilisées et les mêmes amorces peuvent être utilisées pour différentes espèces. | Des sondes spécifiques à l'espèce sont utilisées dans le RFLP pour l'hybridation. |
| Fiabilité | |
| La fiabilité de la technique est inférieure à celle du RFLP. | RFLP est une technique fiable. |
| Buvardage | |
| RAPD implique le Southern blot. | Southern blot est une étape du RFLP. |
| Détection de la variation allélique | |
| Les variations alléliques ne peuvent pas être détectées par RAPD. | Les variations alléliques peuvent être détectées par RFLP. |
| Besoin de connaissance des séquences | |
| RAPD ne nécessite aucune connaissance préalable de la séquence. | Une connaissance préalable des séquences est requise pour la conception de la sonde. |
| PCR | |
| PCR est impliqué avec RAPD | La PCR n'est pas impliquée dans le RFLP. |
| Reproductibilité | |
| RAPD a une faible reproductibilité | RFLP a une reproductibilité élevée par rapport à RAPD. |
Résumé – RAPD vs RFLP
RAPD et RFLP sont des marqueurs importants utilisés en biologie moléculaire. Les deux méthodes sont capables de détecter la variation génétique entre les organismes. La RAPD est réalisée à l'aide d'amorces aléatoires. Le RFLP est réalisé à l'aide d'enzymes de restriction spécifiques. Les deux méthodes produisent des profils d'ADN uniques à des organismes individuels. RAPD implique relativement peu d'étapes que RFLP. Mais il produit des résultats moins fiables et reproductibles que le RFLP. C'est la principale différence entre RAPD et RFLP.
