Différence clé - AFLP vs RFLP
Les études ADN ont une immense importance dans la compréhension et la détermination des relations phylogénétiques, le diagnostic des maladies génétiques et la cartographie des génomes des organismes. Plusieurs techniques associées à l'analyse de l'ADN sont également utilisées pour l'identification d'un gène particulier ou d'une séquence d'ADN dans un pool d'ADN inconnu. Ils sont appelés marqueurs moléculaires. Le polymorphisme de longueur de fragment amplifié (AFLP) et le polymorphisme de longueur de fragment de restriction (RFLP) sont deux de ces marqueurs moléculaires (méthodes) développés en biologie moléculaire pour détecter la variation génétique entre les organismes. Les deux méthodes sont tout aussi importantes et présentent des avantages et des inconvénients.le différence clé entre AFLP et RFLP est que AFLP implique une amplification PCR sélective de l'ADN digéré tandis que RFLP n'implique pas une amplification PCR sélective des fragments d'ADN.
Qu'est-ce que l'AFLP ?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) est un outil important en biologie moléculaire et est largement utilisé dans l'analyse de la variation génétique. L'AFLP est basé sur l'amplification PCR spécifique de l'ADN génomique fragmenté et la détection du polymorphisme par autoradiographie via électrophorèse sur gel. L'AFLP contribue largement à identifier les différences génétiques dans les souches ou les espèces étroitement apparentées de divers règnes, y compris les plantes, les animaux, les bactéries et les champignons. L'AFLP peut être réalisée avec de petites quantités d'échantillons d'ADN inconnus. Il ne nécessite pas de connaissance préalable des séquences ni de conception de sondes.
Étapes de l'AFLP
- Isolement de l'ADN
- Digestion de l'ADN avec des endonucléases de restriction
- Ligation des fragments d'ADN restreints avec des adaptateurs
- Amplification sélective des fragments avec des sites de restriction spécifiques
- Séparation des produits PCR par électrophorèse sur gel
- Visualisation de la matrice de gel par autoradiographie
AFLP est une méthode plus sensible et reproductible qui peut être utilisée dans le profilage ADN de plusieurs taxons, y compris les champignons, les bactéries, les plantes et les animaux sans connaissance préalable des séquences d'ADN. Il aide à identifier de légères différences entre les individus dans les populations en raison de sa nature très sensible. L'AFLP est également important dans la cartographie du génome, les études médico-légales, les tests parentaux, le génotypage, etc.
Figure 01: AFLP
Qu'est-ce que le RFLP ?
Les polymorphismes de longueur des fragments de restriction (RFLP) sont une technique utilisée pour détecter les variations génétiques dans les séquences d'ADN homologues. C'est la première méthode développée pour le profilage ADN. Les organismes ont des empreintes digitales ADN ou des profils ADN uniques. RFLP sert d'outil important pour analyser la variation entre les profils d'ADN d'organismes intraspécifiques ou étroitement apparentés puisque les séquences homologues ont différents sites de restriction (emplacements) qui sont uniques à un organisme particulier. Lorsque l'ADN homologue est digéré avec des endonucléases de restriction spécifiques, il en résultera différents profils d'ADN qui sont uniques à chaque individu. Par conséquent, le principe de cette méthode est la détection de la variation génétique entre les organismes en restreignant l'ADN homologue avec des enzymes de restriction spécifiques et l'analyse du polymorphisme de longueur de fragment par électrophorèse sur gel et transfert. Les modèles de transfert sont uniques à chaque organisme et caractérisent les génotypes spécifiques.
Étapes du RFLP
- Isolation d'une quantité suffisante d'ADN à partir d'échantillons
- Fragmentation des échantillons d'ADN avec des endonucléases de restriction spécifiques en courtes séquences
- Séparation des fragments résultants de différentes longueurs par électrophorèse sur gel d'agarose.
- Transfert du profil du gel dans une membrane par Southern blot
- Hybridation de la membrane avec des sondes marquées et analyse du polymorphisme de longueur des fragments dans chaque profil
RFLP est une technique très importante pour détecter l'hérédité de la maladie et déterminer le risque d'apparition de la maladie parmi les membres de la famille. Le RFLP est également fréquemment utilisé dans la cartographie du génome, l'identification des criminels en médecine légale, les tests de paternité, etc. Le RFLP a également plusieurs limites. RFLP nécessite la connaissance préalable des données de séquence pour concevoir des sondes pour l'hybridation. Il nécessite également l'isolement d'une quantité suffisante d'ADN de l'échantillon à analyser, ce qui est difficile dans les études médico-légales.
Figure 01: Cartographie RRFLP
Quelle est la différence entre AFLP et RFLP ?
ALFP contre RFLP |
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| AFLP implique une amplification PCR sélective de l'ADN digéré. | RFLP n'implique pas de PCR sauf s'il s'agit de PCR-RFLP. |
| Connaissance des séquences | |
| Une connaissance préalable de la séquence n'est pas requise. | Une connaissance préalable des séquences est requise pour concevoir des sondes RFLP. |
| Fiabilité | |
| C'est plus fiable. | Ceci est moins fiable que l'AFLP. |
| Efficacité dans la détection du polymorphisme | |
| Cela a une plus grande efficacité dans la détection du polymorphisme que RFLP. | C'est moins efficace que l'AFLP. |
| Coût | |
| C'est un peu cher par rapport au RFLP. | C'est moins cher que l'AFLP. |
| Applications | |
| Les AFLP ont été appliqués à la cartographie du génome, aux empreintes ADN, aux études de diversité génétique, aux tests de paternité et à la médecine légale | L'analyse RFLP est un outil important dans la cartographie du génome, la localisation des gènes pour les troubles génétiques, la détermination du risque de maladie et les tests de paternité. |
Résumé – AFLP vs RFLP
AFLP et RFLP sont deux techniques utilisées comme marqueurs génétiques pour l'évaluation de la diversité et l'évaluation des relations génétiques en biologie moléculaire. L'AFLP sert de méthode efficace et sensible pour la détection du polymorphisme génétique entre les organismes que le RFLP. Cependant, bien que ces deux méthodes aient des efficacités différentes dans la détection des variations génétiques, elles sont toujours utilisées pour les empreintes génétiques et le diagnostic des maladies.
