Différence clé - RT PCR vs QPCR
La réaction en chaîne par polymérase est une technique utilisée pour amplifier une région spécifique de l'ADN in vitro. Grâce à l'invention de cette technique par Kary Mullis en 1983, les scientifiques sont capables de faire des milliers à des millions de copies de fragments d'ADN spécifiques à des fins de recherche. Actuellement, il est devenu une technique courante et couramment utilisée dans les laboratoires cliniques et de recherche pour une grande variété d'applications. Il existe des variantes de la technique de PCR traditionnelle telles que la RT PCR, la PCR nichée, la PCR multiplex, la Q PCR, la RT - QPCR, etc. La RT PCR et la Q PCR sont deux variantes importantes de la PCR. le différence clé entre RT PCR et Q PCR est que RT PCR est utilisé pour détecter l'expression génique par la création de transcrits d'ADN complémentaires (ADNc) à partir d'ARN tandis que Q PCR est utilisé pour mesurer quantitativement les produits de PCR en temps réel à l'aide de colorants fluorescents.
Qu'est-ce que la RT PCR ?
La réaction en chaîne par polymérase de transcription inverse (RT PCR) est une variante de la PCR utilisée pour détecter l'expression de l'ARN. C'est une méthode très importante pour détecter l'expression de l'ARNm dans les tissus. La RT PCR est utilisée lorsque le matériau de départ de l'échantillon est l'ARN. Dans la RT PCR, l'ARNm matrice est d'abord converti en ADN complémentaire. Cette étape est catalysée par l'enzyme transcriptase inverse et le processus est connu sous le nom de transcription inverse. Deuxièmement, la PCR traditionnelle est utilisée pour l'ADNc nouvellement synthétisé pour l'amplification.
RT PCR est une technique très sensible qui nécessite une quantité relativement faible d'échantillon d'ARN. La RT PCR est couramment utilisée dans le diagnostic et la quantification des espèces à ARN, en particulier les virus à ARN tels que le virus de l'immunodéficience humaine et le virus de l'hépatite C.
Figure 01: Technique de RT PCR
Qu'est-ce que la QPCR ?
La PCR quantitative (QPCR) est une variante de la PCR utilisée pour mesurer quantitativement les produits de la PCR. Il est également appelé réaction en chaîne par polymérase en temps réel car il mesure l'amplification en temps réel à l'aide d'une machine PCR en temps réel. C'est une méthode appropriée pour déterminer la quantité d'une séquence cible ou d'un gène présent dans un échantillon. La caractéristique intéressante de la QPCR est qu'elle combine à la fois l'amplification et la véritable quantification en une seule étape. Par conséquent, le besoin d'électrophorèse sur gel dans la détection peut être éliminé par la technique QPCR. La QPCR utilise des colorants fluorescents pour marquer les produits de PCR pendant les réactions de PCR qui conduisent finalement à une quantification directe. Lorsque les produits PCR s'accumulent, les signaux fluorescents s'accumulent également et seront mesurés par la machine en temps réel. QPCR peut être combiné avec RT PCR. Il est connu sous le nom de RT - QPCR ou QRT - PCR et est considéré comme la méthode la plus puissante, la plus sensible et la plus quantitative pour la détection des niveaux d'ARN dans les cellules ou les tissus.
SYBR Green et Taqman sont deux méthodes utilisées pour détecter ou surveiller le processus d'amplification de la PCR en temps réel. La méthode SYBR Green est réalisée à l'aide d'un colorant fluorescent appelé SYBR green et détecte l'amplification en liant le colorant pour produire de l'ADN double brin. Taqman est réalisé à l'aide de sondes à double marquage et détecte l'amplification par dégradation de la sonde par la polymérase Taq et les libérations du fluorophore comme le montre la figure 02. Les deux méthodes surveillent la progression du processus d'amplification et rapportent la quantité du produit en temps réel.
La PCR en temps réel a une grande variété d'applications telles que la quantification de l'expression génique, l'analyse des microARN et des ARN non codants, le génotypage SNP, la détection des variantes du nombre de copies, la détection des mutations rares, la détection des organismes génétiquement modifiés, la détection des agents infectieux, etc.
Figure 02: Technique de PCR quantitative
Quelle est la différence entre la RT PCR et la QPCR ?
RT PCR vs QPCR |
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| RT PCR est une technique utilisée pour détecter l'expression des gènes par amplification. | QPCR est une technique qui amplifie l'ADN et quantifie les produits de PCR en temps réel. |
| Implication de l'enzyme transcriptase inverse | |
| La transcriptase inverse enzymatique est utilisée pour la RT PCR. | La transcriptase inverse enzymatique n'est pas utilisée pour la QPCR. |
| Utilisation de molécules marquées par fluorescence | |
| Les colorants ou sondes marqués par fluorescence ne sont pas utilisés pour la RT PCR. | Des colorants ou des sondes marqués par fluorescence sont utilisés pour la QPCR. |
| Quantification du produit PCR | |
| Sauf si elle est couplée à la QPCR, la RT PCR ne quantifie pas le produit de la PCR. | QPCR mesure quantitativement le produit PCR. |
| Matériel de départ | |
| Le matériel de départ est l'ARNm. | Le matériau de départ est l'ADN. |
| Synthèse d'ADNc | |
| L'ADN complémentaire est produit pendant la RT PCR. | L'ADN complémentaire n'est pas produit pendant la QPCR. |
Résumé – RT PCR vs QPCR
RT PCR et QPCR sont deux versions de la PCR traditionnelle. La technique RT PCR est réalisée pour les échantillons d'ARNm et est pilotée par la transcription inverse et la production d'ADNc. La QPCR est utilisée pour quantifier les produits de PCR pendant les cycles thermiques de PCR en temps réel à l'aide de colorants fluorescents ou de sondes marquées. Dans QPCR, la quantité de produit PCR est représentée par les signaux fluorescents émis par l'échantillon. La RT PCR est couramment utilisée comme processus d'amplification tandis que la QPCR est couramment utilisée comme processus de quantification. C'est la différence entre RT PCR et QPCR.
