Différence clé - Chromosome Walking vs Jumping
La marche chromosomique et le saut chromosomique sont deux outils techniques utilisés en biologie moléculaire pour localiser les gènes sur les chromosomes et cartographier physiquement les génomes. La marche chromosomique est une technique utilisée pour cloner un gène cible dans une bibliothèque génomique par isolement et clonage répétés de clones adjacents de la bibliothèque génomique. Le saut chromosomique est une version spéciale de la marche chromosomique qui surmonte les points d'arrêt de la marche chromosomique. La marche chromosomique ne peut séquencer et cartographier que de petites longueurs de chromosomes, tandis que le saut chromosomique permet le séquençage de grandes parties de chromosomes. C'est la principale différence entre la marche chromosomique et le saut chromosomique.
Qu'est-ce que la marche chromosomique ?
La marche chromosomique est un outil qui explore les régions de séquence inconnues des chromosomes en utilisant des fragments de restriction qui se chevauchent. Dans la marche chromosomique, une partie d'un gène connu est utilisée comme sonde et continue avec la caractérisation de toute la longueur du chromosome à cartographier ou à séquencer. Cela va du marqueur à la longueur cible. Dans la marche chromosomique, les extrémités de chaque fragment qui se chevauchent sont utilisées pour l'hybridation afin d'identifier la séquence suivante.
Les sondes sont préparées à partir des embouts d'ADN cloné et elles sont sous-clonées. Ensuite, ils sont utilisés pour trouver le prochain fragment qui se chevauche. Toutes ces séquences imbriquées sont utilisées pour construire la carte génétique du chromosome et localiser les gènes cibles. Il s'agit d'une méthode d'analyse de longues étendues d'ADN par de petits fragments se chevauchant de la bibliothèque génomique reconstruite.
Technique de marche chromosomique – Étapes
- Isolation d'un fragment d'ADN qui contient le gène connu ou le marqueur proche du gène cible
- Préparation de la carte de restriction du fragment sélectionné et sous-clonage de la région terminale du fragment à utiliser comme sonde
- Hybridation de la sonde avec le prochain fragment chevauchant
- Préparation de la carte de restriction du fragment 1 et sous-clonage de la région d'extrémité du fragment 1 à utiliser comme sonde pour l'identification du prochain fragment chevauchant.
- Hybridation de la sonde avec le prochain fragment chevauchant 2
- Préparation de la carte de restriction du fragment 2 et sous-clonage de la région d'extrémité du fragment 2 pour servir de sonde pour l'identification du prochain fragment chevauchant
Les étapes ci-dessus doivent être poursuivies jusqu'au gène cible ou jusqu'à 3' de la longueur totale de la séquence.
Figure 01: Technique de marche des chromosomes
La marche chromosomique est un aspect important de la cytogénétique pour trouver les SNP de nombreux organismes, analyser les maladies génétiquement transmissibles et trouver les mutations des gènes pertinents.
Qu'est-ce que le saut de chromosome ?
Le saut chromosomique est une technique utilisée en biologie moléculaire pour la cartographie physique des génomes des organismes. Cette technique a été introduite pour surmonter une barrière de la marche chromosomique qui survenait lors de la découverte des régions d'ADN répétitives au cours du processus de clonage. Par conséquent, la technique du saut chromosomique peut être considérée comme une version spéciale de la marche chromosomique. C'est une méthode rapide par rapport à la marche chromosomique et permet de contourner les séquences d'ADN répétitives qui ne sont pas susceptibles d'être clonées lors de la marche chromosomique. Le saut chromosomique réduit l'écart entre le gène cible et les marqueurs connus disponibles pour la cartographie du génome.
L'outil de saut de chromosome commence par la coupe d'un ADN spécifique avec des endonucléases de restriction spéciales et la ligature des fragments en boucles circularisées. Ensuite, une amorce conçue à partir d'une séquence connue est utilisée pour séquencer les boucles circularisées. Cette amorce permet le saut et le séquençage d'une manière alternative. Par conséquent, il peut contourner les séquences d'ADN répétitives et parcourir rapidement le chromosome à la recherche du gène cible.
La découverte du gène codant pour la fibrose kystique a été réalisée à l'aide de l'outil de saut chromosomique. Combinés, les sauts chromosomiques et la marche peuvent améliorer le processus de cartographie du génome.
Figure 02: Saut de chromosome
Quelle est la différence entre la marche chromosomique et le saut ?
Marche chromosomique vs saut |
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| Chromosome est un outil utilisé en biologie moléculaire pour la cartographie du génome et la localisation de gènes spécifiques. | Le saut de chromosome est un outil utilisé pour la cartographie physique des génomes et la recherche rapide de gènes cibles dans les chromosomes. |
| Longueurs comparatives de séquençage | |
| Seuls de petits fragments peuvent être clonés par marche chromosomique. | De plus grandes longueurs de chromosomes peuvent être cartographiées par le saut chromosomique. |
| Clonage d'ADN répétitif dans les chromosomes | |
| La technique de marche chromosomique a du mal à parcourir les séquences d'ADN répétées trouvées dans les chromosomes. | Il permet de contourner les séquences d'ADN répétitives. Il n'y a donc aucune difficulté à les trouver lors du séquençage. |
| Facteurs affectant les processus | |
| Le succès du processus dépend de la taille du génome et de la distance qui doit être "parcourue" d'une position génomique connue vers le gène désiré. | Le succès ne dépend pas de la taille du génome de la distance entre le marqueur et la cible. |
| Effets de l'ADN non cloné | |
| La marche chromosomique peut être arrêtée par des fragments d'ADN non clonés. | La note la plus basse que les piccolos peuvent jouer est D4. |
| Besoin d'une séquence connue | |
| Le processus commence avec un gène connu près de la cible. | Le processus nécessite un fragment connu pour la conception de l'amorce. |
Résumé - Chromosome Walking vs Jumping
La marche chromosomique est fréquemment appliquée lorsque l'on sait qu'un gène particulier est situé à proximité d'un gène précédemment cloné dans un chromosome et qu'il est possible de l'identifier par l'isolement répété de clones génomiques adjacents à partir de la bibliothèque génomique. Cependant, lorsque des régions d'ADN répétitives sont trouvées au cours de la technique de marche chromosomique, le processus ne peut pas être poursuivi. Par conséquent, la technique rompt à partir de ce point. Le saut chromosomique est un outil de biologie moléculaire qui surmonte cette limitation pour la cartographie des génomes. Il contourne ces régions d'ADN répétitives qui sont difficiles à cloner et aide à la cartographie physique des génomes. C'est la principale différence entre la marche chromosomique et le saut.
