Différence clé - SYBR Green vs Taqman
SYBR Green et Taqman sont deux méthodes utilisées pour détecter ou surveiller le processus d'amplification de la PCR en temps réel. SYBR Green est une méthode basée sur l'intercalation d'un colorant de coloration d'acide nucléique tandis que Taqman est une méthode basée sur une sonde d'hydrolyse. Les deux technologies sont conçues pour générer de la fluorescence pendant la PCR, ce qui permet à la machine de PCR en temps réel de surveiller la réaction en « temps réel ». La méthode SYBR Green est réalisée à l'aide d'un colorant fluorescent appelé SYBR green et détecte l'amplification en liant le colorant à l'ADN double brin produit. Le Taqman est réalisé à l'aide de sondes bimarquées et détecte l'amplification par dégradation de la sonde par la Taq polymérase et les libérations du fluorophore. C'est la principale différence entre SYBR Green et Taqman.
Qu'est-ce que le SYBR Green ?
SYBR Green est un colorant fluorescent utilisé pour colorer les acides nucléiques, en particulier l'ADN double brin en biologie moléculaire. La méthode SYBR Green est utilisée pour quantifier les produits PCR pendant la PCR en temps réel. Une fois qu'il se lie à l'ADN, le complexe ADN-colorant qui en résulte absorbe la lumière bleue et émet une lumière verte intense. Cela se produit en raison du changement structurel qui se produit dans la molécule de colorant lors de la liaison avec l'ADN double brin. Lorsque la PCR crée de plus en plus d'ADN, plus de molécules de colorant se lient à l'ADN, générant plus de fluorescence. Par conséquent, la fluorescence augmente avec l'accumulation du produit PCR. Par conséquent, la quantité de produit de PCR peut être mesurée quantitativement par la détection de fluorescence SYBR Green.
Le colorant vert SYBR peut également être utilisé pour le marquage de l'ADN en cytométrie et en microscopie à fluorescence. Le bromure d'éthidium a été remplacé avec succès par le SYBR Green car le bromure d'éthidium est un colorant cancérigène avec des problèmes d'élimination lors de la visualisation de l'ADN dans l'électrophorèse sur gel.
Il y a des avantages et des inconvénients à la méthode verte SYBR. Cette méthode est très sensible, peu coûteuse et facile à utiliser. Cependant, en raison de sa capacité à se lier à n'importe quel ADN double brin, une liaison non spécifique peut entraîner une quantification excessive du produit de PCR.
Figure 01: Technique verte SYBR
Qu'est-ce que Taqman ?
Taqman est une méthode alternative à SYBR Green pour surveiller le processus PCR en temps réel. Cette méthode dépend de l'activité exonucléase 5' - 3' de l'enzyme polymérase Taq pour dégrader les sondes lors de l'extension du nouveau brin et de la libération du fluorophore. Des sondes à double marquage sont utilisées dans cette méthode et elle est basée sur l'hydrolyse des sondes. Les sondes sont des oligonucléotides d'ADN marqués par fluorescence ayant une molécule rapporteur fluorescente (fluorophore) à l'extrémité 5' et une molécule d'extinction à l'extrémité 3'. Ils sont conçus pour se lier à la matrice simple brin du côté opposé aux recuits de l'amorce. La polymérase Taq ajoute des nucléotides à l'amorce et étend le nouveau brin vers les sondes à double marquage. Une fois que la polymérase Taq rencontre la sonde, l'action exonucléase de la polymérase Taq active et dégrade la sonde. Une fois qu'elle a terminé la synthèse du nouveau brin, la sonde est soumise à une dégradation complète et libère le fluorophore. La libération de fluorophore génère de la fluorescence. La molécule Fluorescent Quencher éteint efficacement la lumière émise et crée la sortie pour la quantification du produit PCR. La libération des fluorophores et la quantité des produits de PCR sont proportionnelles. Par conséquent, la quantification peut être facilement effectuée par la méthode Taqman.
Figure 02: Méthode Taqman
La méthode Taqman est utilisée dans la PCR en temps réel, la quantification de l'expression génique, la détection de polymorphismes génétiques, la quantification des délétions d'ADN chromosomique, l'identification bactérienne, la vérification de l'analyse des puces à ADN, le génotypage SNP, etc.
Quelle est la différence entre le vert SYBR et le Taqman ?
SYBR Green contre Taqman |
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| SYBR Green est basé sur un colorant de liaison à l'ADN. | Taqman dépend des sondes d'hybridation et de l'activité exonucléase 5' à 3' de la polymérase Taq. |
| Sondes marquées par fluorescence | |
| Aucune sonde marquée par fluorescence n'est requise. | Des sondes à double marquage sont requises. |
| Analyse génétique multiplex | |
| Il ne peut pas être utilisé pour les gènes cibles multiplex. | Il peut être utilisé pour les gènes cibles multiplex. |
| Coût | |
| C'est moins cher. | C'est plus cher. |
| Spécificité | |
| Ceci est moins spécifique et se lie à n'importe quel ADN double brin | Ceux-ci sont hautement spécifiques puisque les sondes détectent les produits d'amplification spécifiques. |
| Efficacité | |
| C'est moins efficace. | C'est très efficace. |
| Demande | |
| Ceci est utilisé dans la PCR en temps réel, la visualisation sur gel d'agarose, le marquage de l'ADN, etc. | Ceci est utilisé dans la PCR en temps réel, la quantification de l'expression génique, la détection de polymorphismes génétiques, etc. |
Résumé – SYBR Green et Taqman
Taqman et SYBR green sont deux méthodes employées dans la PCR en temps réel (PCR quantitative). Les deux méthodes permettent la quantification efficace du produit PCR et reposent sur l'émission de la fluorescence. La méthode Taqman utilise des sondes à double marquage pour la détection de l'ADN accumulé tandis que la méthode SYBR Green utilise un colorant fluorescent. Ces deux méthodes ont également des applications différentes en biologie moléculaire.
