La principale différence entre le séquençage nanopore et illumina est que le séquençage nanopore est une technique de séquençage de troisième génération qui utilise un nanopore pour détecter la séquence d'une molécule d'ADN, tandis que le séquençage illumina est une technique de séquençage de deuxième génération qui utilise des séquences réversibles. technologie des terminateurs de colorant pour détecter la séquence d'une molécule d'ADN.
Le séquençage de l'ADN est la détermination d'une séquence précise de nucléotides ou de bases d'une molécule d'ADN. Il existe de nombreuses méthodes rapides pour déterminer les séquences d'acides nucléiques qui accélèrent les découvertes de la recherche biologique et médicale. L'une des premières techniques de séquençage de l'ADN (séquençage Sanger) a été développée par Frederick Sanger en 1975 en adoptant une stratégie d'extension d'amorce au MRC Centre, Cambridge, Royaume-Uni. Aujourd'hui, la majorité des techniques de séquençage rapide de l'ADN appartiennent aux catégories de séquençage de l'ADN de deuxième génération (prochaine génération) et de troisième génération. Le séquençage nanopore et illumina sont deux de ces nouvelles technologies de l'ADN.
Qu'est-ce que le séquençage Nanopore ?
Le séquençage des nanopores est une technique de séquençage de troisième génération qui utilise un nanopore protéique pour détecter la séquence d'acide nucléique d'une molécule d'ADN. Dans le séquençage des nanopores, l'ADN traversant le nanopore change de courant. Ce changement dépend de la forme, de la taille et de la longueur de la séquence d'ADN. Le signal résultant est décodé pour obtenir la séquence d'ADN ou d'ARN spécifique. Cette méthode ne nécessite pas de nucléotides modifiés et fonctionne en temps réel.
Figure 01: Séquençage des nanopores
Oxford Nanopore Technologies est une entreprise populaire qui fabrique de nombreux dispositifs de séquençage de nanopores. La plupart des dispositifs de séquençage Oxford Nanopore ont des cellules d'écoulement. Cette Flow Cell possède un certain nombre de minuscules nanopores intégrés dans une membrane électrorésistante. Chaque nanopore correspond à sa propre électrode. Cette électrode se connecte à un canal et à une puce de capteur. Cette électrode mesure le courant électrique traversant le nanopore. Lorsqu'une molécule traverse un nanopore, son courant change ou est perturbé. De plus, cette perturbation produit un gribouillis caractéristique. Ce gribouillis est ensuite décodé pour déterminer la séquence d'ADN ou d'ARN en temps réel.
Qu'est-ce que le séquençage Illumina ?
Le séquençage Illumina est une technique de séquençage de deuxième génération qui utilise la technologie des terminateurs de colorant réversibles pour détecter la séquence des molécules d'ADN. La société Solexa, qui fait maintenant partie de la société Illumina, a été fondée en 1998. Cette société a inventé cette méthode de séquençage basée sur la technologie des terminateurs de colorant réversibles et des polymérases modifiées.
Figure 02: Séquençage Illumina
Dans la méthode de séquençage illumina, l'échantillon est d'abord clivé en courtes sections. Par conséquent, dans le séquençage illumina, des lectures courtes ou des fragments de 100 à 150 pb sont créés au début. Ces fragments sont ensuite ligaturés à des adaptateurs génériques et recuits sur une lame. La PCR est effectuée pour amplifier chaque fragment. Cela crée un spot avec de nombreuses copies du même fragment. Plus tard, ils sont séparés en simple brin et soumis à un séquençage. La lame de séquençage contient des nucléotides marqués par fluorescence, de l'ADN polymérase et un terminateur. En raison du terminateur, une seule base est ajoutée à la fois. Chaque terminateur de cycle est supprimé et permet l'ajout de la base suivante au site. De plus, sur la base de signaux fluorescents, l'ordinateur détecte la base ajoutée à chaque cycle. La technologie de séquençage Illumina construit la séquence en 4 à 56 heures.
Quelles sont les similitudes entre le séquençage Nanopore et Illumina ?
- Le séquençage nanopore et illumina sont deux techniques de séquençage.
- Les deux sont des méthodes de séquençage rapides et nouvelles.
- Ils sont utilisés pour détecter les séquences d'ADN et d'ARN.
- Les deux ont une grande précision.
Quelle est la différence entre le séquençage Nanopore et Illumina ?
Le séquençage des nanopores est une technique de séquençage de troisième génération qui utilise un nanopore pour détecter la séquence des molécules d'ADN. En revanche, le séquençage illumina est une technique de séquençage de deuxième génération qui utilise la technologie des terminateurs de colorant réversibles pour détecter la séquence des molécules d'ADN. o, c'est la principale différence entre le séquençage nanopore et illumina. De plus, le séquençage des nanopores a une précision de 92 à 97 %, tandis que le séquençage illumina a une précision de 99 %.
L'infographie suivante répertorie les différences entre le séquençage nanopore et illumina sous forme de tableau.
Résumé - Séquençage Nanopore vs Illumina
Les techniques de séquençage à haut débit incluent les méthodes de séquençage de deuxième génération (lecture courte) et de troisième génération (lecture longue). Le séquençage Nanopore et illumina sont deux nouvelles technologies d'ADN qui appartiennent aux catégories de séquençage d'ADN de troisième génération et de deuxième génération (prochaine génération). Le séquençage nanopore utilise un nanopore pour détecter la séquence de molécules d'ADN. D'autre part, le séquençage illumina utilise la technologie des terminateurs de colorant réversibles pour détecter la séquence des molécules d'ADN. Voici donc le résumé de la différence entre le séquençage nanopore et illumina.
