La principale différence entre CGH et array CGH est que CGH est une méthode de cytogénétique moléculaire traditionnelle pour analyser la variation du nombre de copies dans l'ADN d'un échantillon de test qui a une résolution inférieure, tandis que array CGH est une méthode de cytogénétique moléculaire entièrement automatisée pour analyser la variation du nombre de copies dans l'ADN d'un échantillon de test qui a une résolution plus élevée.
CGH et array CGH sont deux techniques pour détecter les variations du nombre de copies chez les individus. La variation du nombre de copies fait référence aux sections du génome qui sont répétées. Le nombre de copies varie selon les individus. La variation du nombre de copies est généralement classée en deux groupes: les répétitions courtes et les répétitions longues. L'un des exemples les plus connus de variation du nombre de copies courtes est la répétition du trinucléotide CAG dans le gène huntingtin. Cela provoque un trouble neurologique appelé huntingtine. Le meilleur exemple de variation du nombre de copies à répétitions longues est le gène de l'alpha-amylase, qui provoque une résistance à l'insuline. La variation du nombre de copies peut être détectée par des techniques telles que FISH, CGH et array CGH.
Qu'est-ce que CGH ?
CGH est une méthode de cytogénétique moléculaire traditionnelle pour analyser la variation du nombre de copies dans l'ADN d'un échantillon de test par rapport à un échantillon de référence. Il a une résolution inférieure par rapport aux techniques automatisées. L'objectif de cette technique est de comparer rapidement et efficacement deux échantillons d'ADN génomique provenant de sources différentes.
Figure 01: CGH
La procédure implique l'isolement de l'ADN à partir de deux sources: test et référence. Ensuite, l'étape suivante est le marquage indépendant des échantillons d'ADN de test et de référence avec des fluorophores de différentes couleurs. Plus tard, les deux échantillons d'ADN ont été dénaturés afin d'obtenir les échantillons d'ADN simple brin. Enfin, l'hybridation des deux échantillons d'ADN résultants dans un rapport de 1: 1 à une propagation métaphasique normale des chromosomes a été réalisée. Les différences chromosomiques peuvent être identifiées entre les deux sources à l'aide d'un microscope à fluorescence et d'un logiciel informatique. De plus, la technique CGH ne peut détecter que les anomalies chromosomiques déséquilibrées.
Qu'est-ce que Array CGH ?
Array CGH est une méthode de cytogénétique moléculaire entièrement automatisée pour analyser la variation du nombre de copies dans l'ADN d'un échantillon de test par rapport à un échantillon de référence. Il a une résolution plus élevée et a été développé afin de minimiser les limites du CGH traditionnel. Array CGH combine les principes de CGH avec l'utilisation de microarrays. Au lieu d'utiliser la propagation des chromosomes en métaphase, cette méthode utilise des lames disposées avec de petits segments d'ADN comme cibles. Ces microarrays ont été réalisés en déposant et immobilisant une petite quantité d'ADN (sondes) sur un support solide en verre. La taille des sondes peut varier d'un oligonucléotide à un chromosome bactérien artificiel.
Figure 02: Tableau CGH
Indépendamment des sondes, la méthode de base du tableau CGH est similaire à CGH. Une fois les sondes contenant le microarray préparées, les deux échantillons d'ADN (test et référence) marqués avec des fluorophores de couleurs différentes sont mélangés et ajoutés au microarray. Étant donné que l'ADN dans les échantillons est simple brin en raison de la dénaturation, cet ADN s'hybride avec des sondes simple brin en réseau. Grâce à un système d'imagerie numérique, il est possible d'identifier les différences chromosomiques entre les deux sources.
Quelles sont les similitudes entre CGH et Array CGH ?
- CGH et array CGH sont deux techniques pour détecter les variations du nombre de copies.
- Ce sont des méthodes de cytogénétique moléculaire.
- Les deux méthodes diagnostiquent les anomalies chromosomiques déséquilibrées.
- Les fluorophores sont impliqués dans les deux méthodes.
- Les deux méthodes peuvent être utilisées pour détecter les troubles génétiques dus aux variations du nombre de copies.
- Ils sont largement utilisés dans l'analyse génomique comparative.
Quelle est la différence entre CGH et Array CGH ?
CGH est une méthode de cytogénétique moléculaire traditionnelle pour analyser la variation du nombre de copies dans l'ADN d'un échantillon de test qui a une résolution inférieure, tandis que la matrice CGH est une méthode de cytogénétique moléculaire entièrement automatisée pour analyser la variation du nombre de copies dans l'ADN d'un échantillon de test qui a une résolution plus élevée. C'est donc la principale différence entre CGH et array CGH. De plus, dans CGH, les échantillons d'ADN de test et de référence s'hybrident avec une propagation normale des chromosomes en métaphase, mais dans la matrice CGH, les échantillons d'ADN de test et de référence s'hybrident avec les sondes d'ADN immobilisées contenant le microréseau.
L'infographie ci-dessous répertorie les différences entre CGH et array CGH sous forme de tableau pour une comparaison côte à côte.
Résumé - CGH vs Array CGH
CGH et array CGH sont deux techniques de cytogénétique moléculaire permettant de détecter les anomalies chromosomiques déséquilibrées. Ils sont largement utilisés dans l'analyse génomique comparative. CGH est une méthode cytogénétique moléculaire traditionnelle pour analyser la variation du nombre de copies dans l'ADN d'un échantillon de test qui a une résolution inférieure. En revanche, la matrice CGH est une méthode de cytogénétique moléculaire entièrement automatisée pour analyser la variation du nombre de copies dans l'ADN d'un échantillon de test qui a une résolution plus élevée. Ainsi, cela résume la différence entre CGH et tableau CGH.
